Python-2D直方图以对数比例绘制—错误：无法将float NaN转换为整数

Question

这是我以前的图，我想转换为二维直方图。

mass_bh = (subhalos['SubhaloBHMass'] * 1e10 / 0.704) # in units of M_sol h^-1
vdisp = subhalos['SubhaloVelDisp']

nbins = 200
H, xedges, yedges = np.histogram2d(mass_bh,vdisp,bins=nbins)

fig2 = plt.figure()
plt.pcolormesh(xedges,yedges,Hmasked)
cbar = plt.colorbar()
cbar.ax.set_ylabel('g-r')

plt.ylabel(' $\log(\sigma)\quad$ [km s$^{-1}$] ')
plt.xlabel('$\log(M_{BH})\quad$ [M$_{\odot}$]')
plt.title('$M_{BH}-\sigma$ relation')

相反，这给了我

我以前的绘图将x和y值都转换为对数比例。 但是对于这种直方图转换，效果不是很好。

我该如何解决？

谢谢！

Answer 1

@armatita认为问题在于数据是正确的。 我认为一切都取决于您如何在histogram2d进行装箱。 看看这个具有随机对数正态分布的示例是否有帮助。

import numpy as np
import matplotlib.pyplot as plt

n = 1000

x = np.logspace(2, 10, n)
y = x**1.5
y = y * np.random.lognormal(10, 3, n)

x_bins = np.logspace(np.log10(x.min()), np.log10(x.max()), np.sqrt(n))
y_bins = np.logspace(np.log10(y.min()), np.log10(y.max()), np.sqrt(n))
H, xedges, yedges = np.histogram2d(x, y, bins=[x_bins, y_bins])

fig = plt.figure()
ax1 = fig.add_subplot(211)
ax1.plot(x, y, 'o')
ax1.set_xscale('log')
ax1.set_yscale('log')

ax2 = fig.add_subplot(212)
ax2.pcolormesh(xedges, yedges, H.T)
ax2.set_xscale('log')
ax2.set_yscale('log')

我得到以下图像，这是我相信您正在寻找的图像。 还要注意在H上的转置。

Answer 2

只是一个建议，可以激发您的好奇心。 尽管@lanery清楚地回答了这个问题，但我想分享另一种在python中获得漂亮的2d直方图的方法。 我不想使用np.histogram2d（通常会产生非常难看的直方图），而是要回收py-sphviewer ，这是一个使用自适应平滑内核渲染粒子模拟的python包。 考虑以下代码，该代码基于lanery的示例：

导入numpy作为np导入matplotlib.pyplot作为plt导入sphviewer作为sph

def myplot(x, y, extent=None, nb=8, xsize=500, ysize=500):   
    if(extent == None):
        xmin = np.min(x)
        xmax = np.max(x)
        ymin = np.min(y)
        ymax = np.max(y)
    else:
        xmin = extent[0]
        xmax = extent[1]
        ymin = extent[2]
        ymax = extent[3]

    k, = np.where( (x <= xmax) & (x >= xmin) & 
                   (y <= ymax) & (y >= ymin) )

    pos = np.zeros([3, len(k)])
    pos[0,:] = (x[k]-xmin)/(xmax-xmin)
    pos[1,:] = (y[k]-ymin)/(ymax-ymin)
    w = np.ones(len(k))

    P = sph.Particles(pos, w, nb=nb)
    S = sph.Scene(P)
    S.update_camera(r='infinity', x=0.5, y=0.5, z=0, 
                    extent=[-0.5,0.5,-0.5,0.5],
                    xsize=xsize, ysize=ysize)
    R = sph.Render(S)
    R.set_logscale()
    img = R.get_image()

    return img, [xmin,xmax,ymin,ymax]    


n = 1000

x = np.logspace(2, 10, n)
y = x**1.5
y = y * np.random.lognormal(10, 3, n)

H, xedges, yedges = np.histogram2d(x, y, bins=[np.logspace(np.log10(x.min()), np.log10(x.max())),
                                               np.logspace(np.log10(y.min()), np.log10(y.max()))])


img, extent = myplot(np.log10(x), np.log10(y))   #Call the function to make the 2d-histogram

fig = plt.figure()
ax1 = fig.add_subplot(311)
ax1.plot(x, y, 'o')
ax1.set_xscale('log')
ax1.set_yscale('log')

ax2 = fig.add_subplot(312)
ax2.pcolormesh(xedges, yedges, H.T)
ax2.set_xscale('log')
ax2.set_yscale('log')

ax3 = fig.add_subplot(313)
ax3.imshow(img, origin='lower', extent=extent, aspect='auto')

plt.show()

产生以下输出：

函数myplot（）只是我编写的一个非常简单的函数，用于规范化数据并将其作为py-sphviewer的输入。 平滑内核的长度通常由参数nb给出，该参数指定要在其上进行平滑的邻居数。 尽管乍看之下似乎很复杂，但是其思想和实现非常简单，与np.histogram2d相比，结果要好得多。 但是，当然，这取决于您是否能够分发数据，以及这样做对研究的意义和后果。