单步执行一系列分组逻辑门

Question

我正在进行蛋白质 - 蛋白质相互作用的模拟。 我正在使用Python将逻辑门编码为模拟蛋白质相互作用的函数。 我的模型基本上是一系列包含逻辑门的组（ g0到g4 ）（见图）。 最初，我设置了一个包含我的组的list ，然后为每个组设置一个包含蛋白质（节点）及其起始值的dict （它们所谓的seedValues ，它们是t=0网络的起始参数）。

我的问题是：是否有一些方法可以迭代我的组（及其逻辑门函数），从t第0组（图像中的g0 ）开始，而在t=t+1执行组g0和g1 ，然后在t=t+2执行三组g0 ， g1和g2 ，依此类推，直到t=m ，其中m是想要的迭代次数？

澄清 ：也许我不清楚。 我的问题是：说我写了一个逐步遍历我的组的函数。 它在时间t=0时从g0开始，并执行，存储和输出该组中的所有门，以及其自身“前方”的所有门（ g1到g4 ）。 完成此操作后，该函数将时间向前一步（ t=t+1 ）并转到g1并再次执行，包括输出组g2到g4 。 现在是一个错误蔓延的地方：对于一个准确的模型，我需要在时间t=t+1执行g0 ， 在程序步骤到g2 。 如何让我的程序输出如此连续的“波浪”执行？ 我想我可能需要使用递归，但我不知道如何。

见我与“团体”是指例如图像这里 。 图像注释： A和B是开关（程序应该改变它们，作为研究扰动的一种方式）， C是一个常数（从未改变）。 J是输出（主要用于显示）。 只要A = 0， D和F就会以振荡的方式构建。

我在Stack Exchange和Stack Overflow上搜索过这个; 当我看到我的相切感兴趣的领域很多问题（ 1 ， 2 ），我看不出有什么，我决定专门解决我的问题。 感谢您的时间。

Answer 1

在我看来，你的问题减少到几个嵌套循环。 如果将所有组放入名为gx的列表中，并将时间t从0递增到某个值tmax ，则在Python中看起来像这样......

for t in range(tmax):
    for i in range(t):
        nodeExecute(gx[i])

每次增加t ，除了之前的所有组之外，还会执行一个组。 如果我还没有理解，请道歉。

Answer 2

对于事件驱动的数字模拟或离散事件模拟 ，“时间轮”或“定时轮”通常用作基本数据结构。 轮子基本上是一个数组，其中每个元素指向模拟事件的列表或动态矢量，它们共享“time mod wheelsize”的相同值。

时轮所描绘这里 ：

时轮比优先级队列更有效， 优先级队列也可用于按时间戳的升序处理模拟事件。

事件驱动逻辑仿真的伪代码：

t = tStart
While (t < tEnd) {
    process all events scheduled for t and schedule follow-up events
    schedule events from signal sources
    t = t + 1
}

要处理门的分组，您可以将每个组视为具有多个输出的超级门。 可能有必要在给定的门组内建模不同的延迟延迟。

您可以使用硬件描述语言（如Verilog）描述您的电路，而不是编写自己的模拟器，并使用现成的模拟器 。