在Python中，`pip -r requirements.txt`不会递归地安装包*？

Question

我正在使用Python 3.5.1和pip 7.1.2：

pip3 --version
pip 7.1.2 from /Library/Frameworks/Python.framework/Versions/3.5/lib/python3.5/site-packages (python 3.5)

在我的requirements.txt中，我写道：

pysam>=0.9.0

然后我使用pip3来安装这个requirements.txt文件，如下所示：

pip3 install -U -r requirements.txt

这个pysam有自己的依赖： cython ，可以在以下网址看到： https ： //github.com/pysam-developers/pysam/blob/master/requirements.txt

但是，使用pip3 install -U -r requirements.txt似乎不会递归地安装pysam的依赖，它会抛出一个ValueError: no cython installed 。

有没有人有关于为什么不以递归方式安装requirements.txt想法？

Answer 1

该pysam setup.py脚本似乎使用requires ，而不是典型的install_requires ; 后者生成pip需要的元数据以确定其要求。 事实上，pysam似乎需要cython来构建自己，所以更合适的是，它应该使用setup_requires 。 如果没有安装cython，可以检查安装pysam是否正常运行。

（编辑：不工作）无论如何，你可以通过在你的需求文件中放置pysam之前的cython来解决这个问题; 这样，pip将尝试在pysam移动之前安装cython：

cython>=0.22
pysam>=0.9.0

编辑 ：要清楚，这与pip -r requirements.txt本身无关。 这是因为pip没有从pysam接收到足够的元数据，因此在尝试安装pysam之前需要先安装cython。

第二次编辑：你是对的。 安装仍然失败，因为pip在进入构建阶段之前尝试从pysam安装脚本获取元数据，并且如果未安装cython，则pysam安装脚本会抛出该错误。 在这种特殊情况下，我不确定除了预先在单独的命令中安装Cython之外还有一个解决方案。