R Markdown HTML数字数字

Question

对于HTML格式的R Markdown脚本，有谁知道如何对字幕中的数字进行编号？

对于PDF文档，标题将说明如下：

图X：一些标题文本

但是，HTML版本的等效标题将简单地说：

一些标题文字

这使得数字的交叉引用数字完全无用。

这是一个最小的例子：

---
title: "My Title"
author: "Me"
output:
  pdf_document: default
  html_document: default
---

```{r cars, fig.cap = "An amazing plot"}
plot(cars)
```


```{r cars2, fig.cap = "Another amazing plot"}
plot(cars)
```

我尝试在每种输出格式中设置toc ， fig_caption和number_sections ，但这似乎不会改变结果。

Answer 1

提供的其他答案相对过时，使用bookdown软件包已经非常容易。 该软件包提供了许多改进，包括Word，HTML和PDF的内置数字编号。

为了能够使用bookdown ，您需要先安装软件包install.packages("bookdown") ，然后使用其中一种输出格式 。 对于HTML，这是html_document2 。 举个例子：

---
title: "My Title"
author: "Me"
date:  "1/1/2016"
output: bookdown::html_document2
---


```{r cars, fig.cap = "An amazing plot"}
plot(cars)
```


```{r cars2, fig.cap = "Another amazing plot"}
plot(cars)
```

这些图将编号为Figure 1和Figure 2 。 提供代码块是命名的并且有一个标题，我们可以使用语法\\@ref(fig:foo)交叉引用输出\\@ref(fig:foo)其中foo是块的名称，即\\@ref(fig-cars) 。 您可以在此处了解有关此行为的更多信息

进一步阅读

• R Markdown：权威指南 ：第11章概述了预订
• 使用bookdown创作书籍可提供有关预订的综合指南，并建议您提供更多高级详细信息。

Answer 2

因此，除非有人有更好的解决方案，这是我提出的解决方案，这种方法存在一些缺陷（例如，如果图/表编号依赖于部分编号等...），但是对于基本的HTML文档，它的工作原理。

在文档顶部的某处，运行以下命令：

```{r echo=FALSE}
#Determine the output format of the document
outputFormat   = opts_knit$get("rmarkdown.pandoc.to")

#Figure and Table Caption Numbering, for HTML do it manually
capTabNo = 1; capFigNo = 1;

#Function to add the Table Number
capTab = function(x){
  if(outputFormat == 'html'){
    x = paste0("Table ",capTabNo,". ",x)
    capTabNo <<- capTabNo + 1
  }; x
}

#Function to add the Figure Number
capFig = function(x){
  if(outputFormat == 'html'){
    x = paste0("Figure ",capFigNo,". ",x)
    capFigNo <<- capFigNo + 1
  }; x
}
```

然后在您的文档过程中，如果您想要绘制图形：

```{r figA,fig.cap=capFig("My Figure Caption")
base = ggplot(data=data.frame(x=0,y=0),aes(x,y)) + geom_point()
base
```

如果你想要一个表格标题，将capTab替换为capFig的capTab 。

Answer 3

我们可以使用pandoc-crossref ，这是一个允许交叉引用图形，表格，部分和方程的过滤器，适用于所有输出格式。 最简单的方法是cat图标签（在形式{#fig:figure_label}每个图后，尽管这需要echo=FALSE和results='asis' 。 然后我们可以参考一个数字，因为我们会引用： [@fig:figure_label]产生fig. figure_number fig. figure_number默认情况下。

这是一个MWE：

---
output: 
  html_document:
    toc: true
    number_sections: true
    fig_caption: true
    pandoc_args: ["-F","pandoc-crossref"]
---

```{r}
knitr::opts_chunk$set(echo=FALSE,results='asis')

```


```{r plot1,fig.cap="This is plot one"}
x <- 1:10
y <- rnorm(10)
plot(x,y)
cat("{#fig:plot1}")

```

As we can see in [@fig:plot1]... whereas [@fig:plot2] shows...

```{r plot2, fig.cap="This is plot two"}
plot(y,x)
cat("{#fig:plot2}")

```

产生（删除图形

PLOT1

图1：这是第一个图

正如我们在图中看到的那样。 1 ...而无花果。 2显示......

PLOT2

图2：这是第二个图

有关更多选项和自定义，请参阅pandoc-crossref自述文件 。

要安装pandoc-crossref，假设您有haskell安装：

cabal update
cabal install pandoc-crossref

Answer 4

我使用类似于上面Nicholas发布的解决方案来解决交叉引用问题。 我在某些项目中使用了bookdown，但我发现在我只想要简单的交叉引用的其他项目中使用它很尴尬。

当我用rmarkdown写一篇论文时，我使用以下内容，我希望它以标准格式提交给期刊。 我想要一个图形结尾，然后表格，然后我会有表格和数字。 在我写作时，我只是粗略地了解了文本中引用数字的顺序。 我只想用像fig：foobar这样的文本代码来引用它们，并在文本中指定基于外观的编号。 当我查看图形图例列表时，我会看到传说的顺序，并根据需要移动图例。

这是我的结构。

我有一个R包，我有论文需要的东西，比如各种参考书目和辅助R函数。 在该包中，我有以下函数，它使用在主Rmd环境中定义的一些变量：.rmdenvir和.rmdctr。

ref <- function(useName) {
require(stringr)
if(!exists(".refctr")) .refctr <- c(`_` = 0)
if(any(names(.refctr)==useName)) return(.refctr[useName])
type=str_split(useName,":")[[1]][1]
nObj <- sum(str_detect(names(.refctr),type))
useNum <- nObj + 1
newrefctr <- c(.refctr, useNum)
names(newrefctr)[length(.refctr) + 1] <- useName
assign(".refctr", newrefctr, envir=.rmdenvir)
return(useNum)
}

它假定我用cntname：foo之类的名称命名我想引用的东西，例如fig：foo。 它为每个人制作了一个新的计数器，如果需要，我可以动态组成新的计数器（写作时）。

在我的主Rmd文件中，我有一些设置行：

    ```{r setup_main}
    require(myPackageforPapers)
    # here is where the variables needed by ref() are defined.
    .rmdenvir = environment()
    .refctr <- c(`_` = 0)
    ````

在文中我使用以下内容

    You can see what I am trying to show in Figure `r ref("fig:foo")`
    and you can see it also in Tables `r ref("tab:foo")` 
    and A`r ref("tabappA:foobig")`.

得到“你可以看到我想在图1中展示的内容，你也可以在表1和A1中看到它。” 虽然数字可能不是1; 使用的数量将动态确定。 我第一次引用一个图形，表格或者我在计算的任何东西时都不必使用特殊功能。 ref（）通过查看标签是否已存在来计算出来。 如果不是，则分配下一个号码，然后返回。 因此，您不必在一个地方使用“标签”，在另一个地方使用“ref”。

在写作过程中，我可能会认为附录A太大了，我会把一些表分成附录B.我需要做的就是将上面的内容改为

    You can see what I am trying to show in Figure `r ref("fig:foo")`
    and you can see it also in Tables `r ref("tab:foo")` 
    and B`r ref("tabappB:foobig")`.

我只是指定一个新的计数器名称'tabappB'，并且它的数字是动态确定的。

在我的Rmd文件的末尾，我有一个看起来像的图表

    # Figure Legends

    Figure `r ref("fig:foo")`. This is the legend for this figure.

    Figure  `r ref("fig:foo2")`. This is the legend for another figure.

然后我的表就像这样

    ```{r print-tablefoo, echo=FALSE}
    tablefoo=mtcars
    thecap = "Tables appear with a legend while figures do not."
    fullcap = paste("Table ", ref("tab:foo"), ". ", thecap, sep="")
    kable(tablefoo, caption=fullcap)
    ```

然后这些数字如下：

    ```{r fig-foo, echo=FALSE, fig.cap=paste("Figure",ref("fig:foo"))}
    plot(1,1)
    ```

附录A是一个包含在孩子身份的Rmd文件。 它会有像这样的表

    ```{r print-tableAfoo, echo=FALSE}
    tablefoo=mtcars
    thecap = "This is a legend."
    fullcap = paste("Table A", ref("tabappA:foobig"), ". ", thecap, sep="")
    kable(tablefoo, caption=fullcap)
    ```

我必须添加“A”来获得表A1，但是如果R在标记我的计数器方面对我没有太多想法，我会发现它更容易。 我只是想让它返回正确的数字。

交叉引用适用于html，pdf / latex或word。 我很乐意坚持使用乳胶解决方案，但我的合着者使用了单词，所以我需要一个与pandoc和word一起使用的解决方案。 有时我想要html或其他输出，我需要一个适用于任何与rmarkdown一起使用的输出的解决方案。