[英]convert distance matrix to phylogenetic tree in newick string format
我通过读取 FASTA 文件创建了一个距离矩阵,现在我被要求编写一个函数,该函数将以 newick 字符串格式生成系统发育树。 该函数将采用一个距离矩阵作为参数。 你能帮我写一些代码吗?
格式示例:
打印(upgma(爱德华兹))
(E:17.00,(((((F:0.50,B:0.50):5.75,G:6.25):2.00,(D:4.00,A:4.00):4.25):6.25,C:14.50):2.50)
BioPython 的Seq
类型没有iter_kmer
方法。 也许您正在寻找skbio
的等效课程? http://scikit-bio.org/docs/0.4.2/generated/skbio.sequence.GrammaredSequence.iter_kmers.html
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