將距離矩陣轉換為 newick 字符串格式的系統發育樹

Question

我通過讀取 FASTA 文件創建了一個距離矩陣，現在我被要求編寫一個函數，該函數將以 newick 字符串格式生成系統發育樹。 該函數將采用一個距離矩陣作為參數。 你能幫我寫一些代碼嗎？

格式示例：

打印（upgma（愛德華茲））

(E:17.00,(((((F:0.50,B:0.50):5.75,G:6.25):2.00,(D:4.00,A:4.00):4.25):6.25,C:14.50):2.50)

Answer 1

BioPython 的Seq類型沒有iter_kmer方法。 也許您正在尋找skbio的等效課程？ http://scikit-bio.org/docs/0.4.2/generated/skbio.sequence.GrammaredSequence.iter_kmers.html