如何使用ete3同時顯示多棵樹？

[英]How to display multiple trees simultaneously with ete3?

我最近在ete3 （在 Python3 上）首次亮相，出於調試目的，我會發現將兩棵樹並排顯示很方便，例如在matplotlib.pyplot.subfig中。 但是，我在文檔和本網站上都沒有找到相關信息（這很令人驚訝），並且使用tree.show()總是會停止程序的執行。 所以是的，如果有人知道如 ...

安裝etetoolkit時出錯。 使用anaconda進行安裝時

[英]Error installing etetoolkit. When installing using anaconda

我跟着指示安裝etetoolkit為Mac。 運行conda install -c etetoolkit ete3 ete_toolchain時出現錯誤 錯誤： UnsatisfiableError：發現以下規范與您環境中的現有python安裝不兼容： et ...

python3上的ete3模塊-無法導入TreeStyle，faces，AttrFace，NodeStyle

[英]ete3 module on python3 - cannot import TreeStyle, faces, AttrFace, NodeStyle

我是Linux用戶，到目前為止，我已經在python2中成功使用了ete3。 我為python3安裝了ete3，但是python3找不到某些模塊。 我相信我已經按照說明安裝了所有依賴項。 我可以從ete3導入ete3和Tree，但到目前為止不能使用其他任何東西。 有關如何解決 ...

如何從taxid獲得分類等級名稱？

[英]How can I get taxonomic rank names from taxid?

這個問題涉及到： 如何從出租車獲得王國，門，類，秩序，家庭，屬和物種的分類學特定ID？ 給出的解決方案有效，但我希望為定義的排名提供每個分類標准的名稱。 我在ete3上發現了這個可以完成這項工作： 但不是python程序員，我沒有將它合並到上面鏈接中給出的代碼中。 這是我嘗試過 ...

使用 TreeStyle 類或其他任何東西在 ETE3 中為不同的葉節點使用不同的guidelines_colos

[英]Different guiding_lines_colos for different leaf nodes in ETE3 using TreeStyle class or anything else

如何在 ETE3 python 模塊中為引導線添加不同的顏色（使用TreeStyle 類中的 guideline_lines_color 將葉節點與文本連接）。 謝謝 ...

如何給“ ete3”樹上的葉子着色？ （Python 3）

[英]How to color leaves on `ete3` Tree? (Python 3)

我剛開始使用ete3 ，它很棒。 如何使用顏色字典為ete3樹對象的葉子着色？ 我做了"c":None因為我不希望c出現。 我想更好地控制樹的渲染，但是我不知道該怎么做。 我看到有NodeStyle對象，但我認為這是針對實際節點的。 看起來這個TextFace對象是我所需要 ...

如何將用ete2繪制的樹轉換為Newick格式？

[英]How to convert a tree drawn with ete2 to Newick format?

我使用ete2命令Tree（）,. add_child（）,. add_sister（）等在python中繪制了一棵樹。 有什么辦法可以將這棵樹轉換成相應的Newick格式嗎？ ...

如何在Python 2.7上安裝ete2？

[英]How to install ete2 on Python 2.7?

我查看了有關模塊安裝和Python文檔的其他一些問題，但是我無法在Python 2.7上成功安裝ete2。 我已經從網站上下載了它，但不知道下一步應該是什么。 ...

如何從出租車獲得王國，門，類，秩序，家庭，屬和物種的分類學特定ID？

[英]How to get taxonomic specific ids for kingdom, phylum, class, order, family, genus and species from taxid?

我有一個如下所示的出租車列表： 我希望從上面的出租車中獲取一個帶有分類標准的文件： 我正在使用“ ete3 ”包。 我使用工具ete-ncbiquery來告訴你上面的id的譜系。 （我使用下面的命令從我的linux筆記本電腦上運行它） 結果如下： 我不知道哪些 ...

如何使用ETE Toolkit（Python）更改節點標簽上的字體方向

[英]How to change the font orientation on node labels with ETE Toolkit (Python)

我想更改ETE Toolkit生成的輸出圖像上的字體方向： http ： //etetoolkit.org 由於某些原因，旋轉和方向更改不會影響標簽，如下圖所示： 在Jupiter筆記本上生成此示例的代碼如下： 我還想知道是否可以將輸出拆分為多行而不是一行？ 較長的序 ...

如何使用存儲在列表中的字符串使用python軟件包ete2創建樹？

[英]How can I create a tree using the python package ete2 using strings stored in a list?

我正在嘗試使用python軟件包ete2從我的細胞自動機模型輸出的合成數據中制作出系統樹。 數據由列為（父，子）的對組成，其中對的每個成員都是代表突變事件的唯一整數。 我已經將字符串對中的每個成員重鑄為字符串，並在它們之前加上“ r”，所以現在： （“ r1”，“ r2”）將代表一個稱 ...

在ete2中作為NodeStyle形狀的矩形

[英]Rectangle as NodeStyle shape in ete2

我想在ete2中為樹狀圖創建自己的布局。 我有非常具體的需求來逐個節點自定義樹節點（即每個節點都有不同的樣式等。） 是否可以將節點的形狀設置為矩形（我找到了圓形，正方形和球形作為選項）？ 我想為每個節點手動設置長度和高度。 另外，您是否對ete2有任何經驗。 定制是否有任何限制 ...

python ete2 TreeNode檢查它是否具有屬性

[英]python ete2 TreeNode check if it has attribute

我有一棵樹，它的某些節點具有屬性“ a”，我想測試給定節點是否具有此屬性，我所做的是 但我遇到一個錯誤treenode n沒有屬性a 有什么測試方法嗎？ ...

使用ete2保存從葉到根的路徑

[英]Save path from leaves to root using ete2

我有一棵大樹，我想在其中獲取每個葉節點的路徑（所有節點）直到根。 我正在嘗試使用ete2進行此操作，但是樹太大了，似乎太慢了。 誰能建議一個更快的方法呢？ 那就是我在做什么： ...

python在同一根節點上根兩棵樹

[英]python root two trees on the same root node

我寫了一個程序來計算兩棵樹之間的距離。 樹木已經扎根。 我想確保樹木植根於同一根或外群。 據我所知，在ete2中，一個樹只能設置根，而不能找到該樹的根，而另一棵樹也可以在同一棵樹上建立根。 我想在一棵樹中找到根，並在另一棵樹中設置相同的根。 因此樹木以相同的方式扎根。 ...

ete2如果節點是一對坐標，如何操作

[英]ete2 how to operate if a node is a pair of coordinates

我需要存儲然后操作（添加新節點，搜索等）一棵樹，其中每個節點都是一對x，y坐標。 我發現ete2模塊可與樹配合使用，但無法捕捉如何將節點另存為元組或坐標列表。 ete2是否可能？ 編輯： 我在這里遵循了該教程， 網址為http://pythonhosted.org/ete2/tu ...

python ete2從樹中刪除節點

[英]python ete2 delete node from tree

我正在嘗試從給定的樹文件中刪除一組節點。 這是我的代碼： arthropods.nw是一個newick樹文件，它是一個摘錄： taxidMap.txt： 問題是，當我打印“已刪除”列表時，它給我的列表都不是，我意識到樹中的節點數仍然大於輸入文件中名稱的數嗎？ 提 ...

ETE2：向節點添加圖像

[英]ETE2: adding image to nodes

我一直在嘗試使用Python中的ete2軟件向系統發生樹中的節點添加不同的圖像，但沒有成功。 這些是我收到的錯誤消息： 任何幫助深表感謝！ ...

使用Python 2.7的HTML解析樹

[英]HTML Parse tree using Python 2.7

我試圖為下面的HTML表配置一個解析樹，但是無法形成它。我想看看樹結構是什么樣的！有人可以幫助我嗎？ 編輯 ...

將hcluster生成的ndarray轉換為Newick字符串，以便與ete2包一起使用

[英]Converting ndarray generated by hcluster into a Newick string for use with ete2 package

我有一個通過運行創建的向量列表： 其中document_list是我正在分析的Web文檔的集合。 然后我執行分層聚類： 這會生成一個ndarray，例如： 是否可以將此ndarray轉換為可以傳遞給ete2 Tree（）構造函數的newick字符串，以便我可以使用ete ...