使用ete3獲取祖先節點號

[英]Get ancestor node number with ete3

我需要在 ete3 中的樹中獲取節點號。 下面是一個樹的例子： 然后我從這棵樹中計算一些東西（對這個問題不重要），這些東西給了我樹中每個節點的值，然后我在 ggplot 樹中繪制。 但是ggplot樹需要節點號來繪制這些信息，這里的問題是我無法找到代碼來獲取樹"rooted_tree"的節點號 ...

ete3 錯誤：無法翻譯成出租車！ - 生物信息學

[英]ete3 error : could not be translated into taxids! - Bioinformatics

我在我自己編寫的生物信息學管道中的 Python 中使用 ete3（ http://etetoolkit.org/ ）package。 運行此腳本時，我收到以下錯誤。 我已經將此腳本用於其他沒有任何問題且沒有給出任何錯誤的數據集。 我正在使用 Python3.5 和 miniconda。 任何解決此 ...

如何使用ete3同時顯示多棵樹？

[英]How to display multiple trees simultaneously with ete3?

我最近在ete3 （在 Python3 上）首次亮相，出於調試目的，我會發現將兩棵樹並排顯示很方便，例如在matplotlib.pyplot.subfig中。 但是，我在文檔和本網站上都沒有找到相關信息（這很令人驚訝），並且使用tree.show()總是會停止程序的執行。 所以是的，如果有人知道如 ...

樹中最密切相關的葉子（ete3 包）

[英]Most closely related leaves in a tree (ete3 package)

您好，我有一棵樹，例如： 我正在尋找一種方法來查看離特定葉子最近的葉子。 例如，這里與C最密切相關的葉子是D和E.與D最密切相關的葉子是E與B最密切相關的葉子是C, D和E. ...

Python / ete3：將最密切相關的葉子定位到系統發育樹中的特定物種

[英]Python / ete3: Target most closely related leaf to a specific species in a phylogenetic tree

我正在使用 Python 包ete3 。 我有樹，例如： 我想看到與樹中特定節點最密切相關的葉子（這里的樹是Species1_order1 ）。 在示例中，最密切相關的葉子是Species2_order2 / Species3_order2和Species4_order3 / Species5_ ...

如何使用 ete3 去除特定的葉子

[英]How specific leafs can be removed using ete3

我有一個對象列表： 而且我還有一個系統發育樹（一種樹狀的數據結構），它是這樣存儲的 這棵樹很大，我想要的是減少這棵樹。 我想在這棵樹中維護我的列表數據中的所有葉子並刪除其余的葉子。 我不熟悉與 ete3 一起工作，有人能幫我找到正確的方向嗎？ ...

從打印中獲取表格 output (pandas)

[英]Get a table from a print output (pandas)

我運行了一個名為 codeml 的程序，該程序在 python package ete3 中實現。 這是codeml生成的model的打印： 但由於它只是一個打印件，我需要將這些信息放入一個表格中，例如： 因為我需要解析這些信息。 您知道如何處理打印 output 嗎？ 謝謝你的幫助。 ...

'Module'沒有attritube'Treestyle'

[英]'Module' has no attritube 'Treestyle'

如果在未安裝PyQT4的情況下發現了一些對stackoverflow的影響，人們在使用ete3工具時會遇到問題，這（過去）也適用於我。 但是，我現在嘗試重新安裝一個軟件，並且一直抱怨'Module'沒有attritube'Treestyle'。 為了測試是否安裝了PyQT，我運行了以下p ...

在ete3中為熱圖添加標簽

[英]Adding labels to heatmaps in ete3

我閱讀了有關生成輪廓人臉熱圖的整個文檔，但找不到任何方法可以向 ete3 生成的熱圖添加標簽。 例如，在以下代碼中，熱圖的 7 列名稱為“Marker1”到“Marker7”。 有沒有辦法將這些名稱添加到 ete3 生成的熱圖中，例如“BarChartFace”可用的“標簽”選項？ 或者唯一的方法是 ...

如何從NetworkX圖轉換為ete3樹對象？

[英]How to convert from NetworkX graph to ete3 Tree object?

我試圖弄清楚如何從networkx向圖構建ete3.Tree對象？ 我以我認為會產生預期結果的方式添加了每個child ，但是我遇到了麻煩。 我也嘗試了以下方法，但是沒有用： ...

預期的 str、bytes 或 os.PathLike 對象，而不是 InMemoryUploadedFile

[英]expected str, bytes or os.PathLike object, not InMemoryUploadedFile

我有一種讀取 Newick 文件並在 Django 框架中返回字符串的方法，如下所示： 這適用於普通的 Newick 文件，但我也有一些文件在文件開頭有一個字符串。 我正在嘗試另一種方法來檢查文件之前是否有以下字符串（在某些文件中就是這種情況）：“newick;” 如果找到則刪除字符串。 它在本 ...

python3上的ete3模塊-無法導入TreeStyle，faces，AttrFace，NodeStyle

[英]ete3 module on python3 - cannot import TreeStyle, faces, AttrFace, NodeStyle

我是Linux用戶，到目前為止，我已經在python2中成功使用了ete3。 我為python3安裝了ete3，但是python3找不到某些模塊。 我相信我已經按照說明安裝了所有依賴項。 我可以從ete3導入ete3和Tree，但到目前為止不能使用其他任何東西。 有關如何解決 ...

ete3：如何從分類法ID中獲取分類法等級名稱？

[英]ete3: How to get taxonomic rank names from taxonomy id?

我想使用它來轉換一堆標識符，但是我需要確切地知道將哪個分類等級分配給每個分類代碼。 下面顯示的是一個有意義的轉換示例，但我不知道該如何標記某些分類調用。 基本的生物分類等級是：（域，王國，門，等級，順序，家族，屬和種） https://en.wikipedia.org/wiki/Taxono ...

無法從MacOS Sierra的ete3 Python運行t.render（）

[英]Unable to run t.render() from ete3 Python at MacOS Sierra

我正在嘗試從ete3網站運行代碼，但始終收到以下錯誤： 由於QT4不再被支持（如說在這里 ），我BREW安裝QT5。 但是，當我再次運行ete3代碼時，系統仍顯示相同的ImportError。 有人知道這個問題的解決方案嗎？ ...

有什么方法可以對二進制搜索樹進行簡單的ascii可視化？

[英]Is there any way to have simple ascii visualization of binary search tree?

我已經開發了一個二叉搜索樹結構，我想添加一些可以可視化該樹的功能。 以下代碼屬於二進制搜索樹： 您可以測試代碼以查看其如何遞歸遍歷樹： 對於可視化，我使用了ete庫。 在ete3庫中，如果使用以下代碼： 您將獲得如下輸出： 如您在上面的代碼中看到的，如果我能夠 ...

ETE3：如何在.get_topology生成的樹上獲取不同的屬性

[英]ETE3: How to get different attributes on the tree made by .get_topology

我在列表上使用.get_topology制作了系統樹，但無法添加科學名稱並對節點進行排名。 具體來說： 我嘗試使用： 但是它返回空字典。 我希望節點在相應屬性下具有其等級，科學名稱和稅號。 我究竟做錯了什么？ 謝謝，阿拉什 ...

使用 TreeStyle 類或其他任何東西在 ETE3 中為不同的葉節點使用不同的guidelines_colos

[英]Different guiding_lines_colos for different leaf nodes in ETE3 using TreeStyle class or anything else

如何在 ETE3 python 模塊中為引導線添加不同的顏色（使用TreeStyle 類中的 guideline_lines_color 將葉節點與文本連接）。 謝謝 ...

如何給“ ete3”樹上的葉子着色？ （Python 3）

[英]How to color leaves on `ete3` Tree? (Python 3)

我剛開始使用ete3 ，它很棒。 如何使用顏色字典為ete3樹對象的葉子着色？ 我做了"c":None因為我不希望c出現。 我想更好地控制樹的渲染，但是我不知道該怎么做。 我看到有NodeStyle對象，但我認為這是針對實際節點的。 看起來這個TextFace對象是我所需要 ...

使用python 3.x如何在不寫入文件的情況下將Tree對象從ete3傳遞到DendroPy

[英]Using python 3.x how can I pass a Tree object from ete3 to DendroPy without writing to file

我正在使用python中的ete3軟件包從我用隨機模型生成的數據中構建系統樹。 我以前將這些樹寫成newick格式，然后使用另一個腳本（帶有Dendropy包）來讀取這些樹並對它們進行一些分析。 這兩個腳本都能正常工作。 我現在正在嘗試進行大量此類數據處理，並且想編寫一個腳本，從而跳過 ...