如何使用存儲在列表中的字符串使用python軟件包ete2創建樹？

Question

我正在嘗試使用python軟件包ete2從我的細胞自動機模型輸出的合成數據中制作出系統樹。 數據由列為（父，子）的對組成，其中對的每個成員都是代表突變事件的唯一整數。 我已經將字符串對中的每個成員重鑄為字符串，並在它們之前加上“ r”，所以現在：

（“ r1”，“ r2”）將代表一個稱為“ r1”的父代，從而產生一個名為“ r2”的子代。 因此輸出文件如下所示：

[['r1' 'r2']
 ['r1' 'r3']
 ['r1' 'r4']
 ['r1' 'r5']
 ['r1' 'r6']
 ['r1' 'r7']
 ['r1' 'r8']
 ['r1' 'r9']
 ['r2' 'r10']
 ['r1' 'r11']
 ['r1' 'r12']
 ['r8' 'r13']
 ['r1' 'r14']
 ['r4' 'r15']
 ['r1' 'r16']
 ['r1' 'r17']
 ['r1' 'r18']
 ['r1' 'r19']]

我想遍歷列表以使用'add_child'來制作樹，但始終會出錯。 我當前的代碼是：

t = Tree() # Creates an empty tree
r1 = t.add_child(name="r1")

for row in range(0, len(pairs_list)):
    a = str(pairs_list[row,1])
    b = str(pairs_list[row,0])
    a = b.add_child(name = a)

我得到錯誤：

Traceback (most recent call last):
  File "treetest.py", line 33, in <module>
    a = b.add_child(name = a)
AttributeError: 'str' object has no attribute 'add_child'

如果我用r1（或其他方式）替換代碼最后一行中的“ b”，則可以找到它，但是當然不代表數據……在此先感謝Universe。

Answer 1

像這樣：

t = Tree() # Creates an empty tree
r1 = t.add_child(name="r1")
lookup = {"r1": r1}

def sort_pairs(pair):
    # Extract integer after "r".
    return int(pair[0][1:])

for pair in sorted(pairs_list, key=sort_pairs):
    parentname = pair[0]
    childname = pair[1]
    if childname not in lookup:
        if parentname in lookup:
            # Add child.
            newchild = lookup[parentname].add_child(name = childname)
            lookup.add(childname, newchild)
        else:
            raise RuntimeError('Must not happen.')