ete2如果節點是一對坐標，如何操作

Question

我需要存儲然后操作（添加新節點，搜索等）一棵樹，其中每個節點都是一對x，y坐標。 我發現ete2模塊可與樹配合使用，但無法捕捉如何將節點另存為元組或坐標列表。 ete2是否可能？

編輯：

我在這里遵循了該教程， 網址為http://pythonhosted.org/ete2/tutorial/tutorial_trees.html#trees要創建簡單的樹：

t1 = Tree("(A:1,(B:1,(E:1,D:1):0.5):0.5);" )

其中A，B，C是節點的名稱，而數字是距離。

要么

t2 = Tree( "(A,B,(C,D));" )

我不需要名稱或距離，而是一棵元組或列表的樹，像這樣：

t3 = Tree("([12.01, 10.98], [15.65, 12.10],([21.32, 6.31], [14.53, 10.86]));")

但是最后一個輸入返回語法錯誤，在有關ete2的教程中，我找不到任何類似的示例。 作為一種變體，我認為我可以將坐標另存為屬性，但將屬性另存為字符串。 我需要使用坐標，每次將其從字符串移動到浮點，反之亦然，這很棘手。

Answer 1

您可以使用任何類型的數據注釋ete樹 。 只需為每個節點指定一個名稱，使用這些名稱創建樹結構，然后用坐標注釋樹即可。

from ete2 import Tree

name2coord = {
'a': [1, 1], 
'b': [1, 1], 
'c': [1, 0], 
'd': [0, 1], 
}

# Use format 1 to read node names of all internal nodes from the newick string
t = Tree('((a:1.1, b:1.2)c:0.9, d:0.8);', format=1)     

for n in t.get_descendants():
   n.add_features(coord = name2coord[n.name])

# Now you can operate with the tree and node coordinates in a very easy way: 
for leaf in t.iter_leaves():
    print leaf.name, leaf.coord
# a [1, 1]
# b [1, 1]
# d [0, 1]

print t.search_nodes(coord=[1,0])
# [Tree node 'c' (0x2ea635)]

您可以使用pickle復制，保存和還原帶注釋的樹：

t.copy('cpickle')
# or
import cPickle
cPickle.dump(t, open('mytree.pkl', 'w'))
tree = cPickle.load(open('mytree.pkl'))