Phyloseq和热图

Question

我正在分析来自肺和口腔的16s微生物组数据，基本上是在自学R。因此我通过qiime进行了分析，并将两个文件上传到R。我的OTU表使用：

otu=import_biom('C:\Users\OneDrive\otu_table.biom')

还有我的那种“地图”文件，其中仅包含SampleID，Location和Paired。 例如：

 SampleID  Location   Paired
 1_L       Lung       1
 1_M       Mouth      1
 2_L       Lung       2
 2_M       Mouth      2

码：

map=read.csv('C:\Users\OneDrive\Mouth vs lung R map_adj.csv',
             header=T,row.name=1,stringsAsFactors=F)

我的数据已配对，我想使用热图比较肺部和口腔。 我在使用R时遇到了麻烦。首先，它不允许我按位置进行操作。 我试过了：

plot_heatmap(otu, sample.label="SampleType")

我得到了这个错误：

Error in get_variable(physeq, sample.label) :
Your phyloseq data object does not have a sample-data component
Try ?sample_data for more details.

我去了?sample_data ，我不知道我在这里缺少什么。

其次，我想按位置进行操作，并且在可行的情况下进行配对。

任何人都可以通过这段代码来帮助我，也许可以解释一下我在这里缺少的内容，因为我还有一些数据，它们可以在基线时查看肺微生物组，然后在两个月后再次查看，因此这也是配对数据。

谢谢您的帮助！

这是我的整个代码：

library("phyloseq")
packageVersion("phyloseq")

otu=import_biom('C:\Users\closed-ref-33031010\otu_table.biom')

map=read.csv('C:\Users\Qiime Maps\Mouth vs lung R map_adj.csv',
             header=T,row.name=1,stringsAsFactors=F)

sampledata1=sample_data(map)

otu2=merge_phyloseq(otu,sampledata1)
plot_heatmap(otu2)

另外，我不确定如何制作phyloseq对象

Answer 1

在专用于该主题的帮助页面上对此解决方案进行了仔细地描述：

https://joey711.github.io/phyloseq/import-data.html

除非您的问题是关于该帮助页面上特别缺乏/困惑的问题，否则我认为此链接可以回答问题。

正如评论员所提到的，如果您确实如此，某人更有可能提供准确而有用的答案。