将OTU表和系统树与phyloseq合并

Question

我正在尝试使用以下命令创建具有OTU表，分类单元名称，样本数据和系统发生树的phyloseq类对象

ps <- phyloseq(otu_table(seqtab.nochim, taxa_are_rows=F),
           tax_table(taxa),
           sample_data(Metadata))

physeq = merge_phyloseq(ps, treefile)

我可以创建刚刚找到的ps对象，但是无法将系统发育树添加到该对象。 这似乎失败了，因为我的OTU表和树上的名称（从SILVA数据库下载）不匹配。 使用taxa_names，我可以看到树已按预期分配了分类单元名称，但是我的OTU表具有每个读取的序列的名称。

OTU表（seqtab.nochim），分类分配和示例数据都是完全按照dada2管道教程进行的，到目前为止，我已阅读的所有内容都表明OTU表将序列作为列是正常的名称。

我很困惑，因为我的分类单元已经为每个读取的序列分配了从王国到属的分类法，但是我没有看到一种使用这些分配与系统树匹配的方法，而不是从OTU表中读取序列的方法。

我敢肯定，这可能是我遗失的简单明了的东西，但任何帮助将不胜感激！

Answer 1

没错，树和OTU表以及税表需要具有相同的名称。 通常，虽然不是直接从SILVA下载树，而是从dada2序列中生成本地树。 在本文中，Callihan等人。 ，作者讨论了如何使用PHANGORN制作这样的树。 这将导致一个树文件，其序列作为与您的其余数据兼容的分支名称。 如果您还有其他问题，请尝试发布可重现的数据子集，例如ps对象被子采样到仅几个样本以及五个最丰富的分类单元，也许我们的互联网人士可以识别出问题。