[英]Extracting p-values for fixed effects from nlme/lme4 output
我正在尝试从混合效果模型的摘要调用创建的对象中包含的固定效果表中提取单个元素(特别是p值)。
玩具数据:
set.seed(1234)
score <- c(rnorm(8, 20, 3), rnorm(8, 35, 5))
rep <- rep(c(0,1,2,3), each = 8)
group <- rep(0:1, times = 16)
id <- factor(rep(1:8, times = 4))
df <- data.frame(id, group, rep, score)
现在创建一个模型
require(nlme)
modelLME <- summary(lme(score ~ group*rep, data = df, random = ~ rep|id))
modelLME
当我们称它为输出时
Linear mixed-effects model fit by REML
Data: df
AIC BIC logLik
219.6569 230.3146 -101.8285
Random effects:
Formula: ~rep | id
Structure: General positive-definite, Log-Cholesky parametrization
StdDev Corr
(Intercept) 2.664083e-04 (Intr)
rep 2.484345e-05 0
Residual 7.476621e+00
Fixed effects: score ~ group * rep
Value Std.Error DF t-value p-value
(Intercept) 22.624455 3.127695 22 7.233587 0.0000
group -1.373324 4.423229 6 -0.310480 0.7667
rep 2.825635 1.671823 22 1.690152 0.1051
group:rep 0.007129 2.364315 22 0.003015 0.9976
Correlation:
(Intr) group rep
group -0.707
rep -0.802 0.567
group:rep 0.567 -0.802 -0.707
Standardized Within-Group Residuals:
Min Q1 Med Q3 Max
-1.86631781 -0.74498367 0.03515508 0.76672652 1.91896578
Number of Observations: 32
Number of Groups: 8
现在,我可以通过提取固定效果的参数估算值
fixef(modelLME)
但是如何提取p值?
要提取整个随机效应表,我们将其称为
VarCorr(modelLME)
然后通过子设置函数[,]
提取该表中的各个元素。 但是我不知道与VarCorr()
等效的功能是什么固定效果。
您可以使用以下方法提取p值:
modelLME$tTable[,5]
(Intercept) group rep group:rep
0.0000003012047 0.7666983225269 0.1051210824864 0.9976213300628
通常,查看str(modelLME)
有助于查找不同的组件。
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