從nlme / lme4輸出中提取固定效果的p值

Question

我正在嘗試從混合效果模型的摘要調用創建的對象中包含的固定效果表中提取單個元素（特別是p值）。

玩具數據：

set.seed(1234)
score <- c(rnorm(8, 20, 3), rnorm(8, 35, 5))
rep <- rep(c(0,1,2,3), each = 8)
group <- rep(0:1, times = 16)
id <- factor(rep(1:8, times = 4))

df <- data.frame(id, group, rep, score)

現在創建一個模型

require(nlme)

modelLME <- summary(lme(score ~ group*rep, data = df, random = ~ rep|id))

modelLME

當我們稱它為輸出時

Linear mixed-effects model fit by REML
 Data: df 
       AIC      BIC    logLik
  219.6569 230.3146 -101.8285

Random effects:
 Formula: ~rep | id
 Structure: General positive-definite, Log-Cholesky parametrization
            StdDev       Corr  
(Intercept) 2.664083e-04 (Intr)
rep         2.484345e-05 0     
Residual    7.476621e+00       

Fixed effects: score ~ group * rep 
                Value Std.Error DF   t-value p-value
(Intercept) 22.624455  3.127695 22  7.233587  0.0000
group       -1.373324  4.423229  6 -0.310480  0.7667
rep          2.825635  1.671823 22  1.690152  0.1051
group:rep    0.007129  2.364315 22  0.003015  0.9976
 Correlation: 
          (Intr) group  rep   
group     -0.707              
rep       -0.802  0.567       
group:rep  0.567 -0.802 -0.707

Standardized Within-Group Residuals:
        Min          Q1         Med          Q3         Max 
-1.86631781 -0.74498367  0.03515508  0.76672652  1.91896578 

Number of Observations: 32
Number of Groups: 8 

現在，我可以通過提取固定效果的參數估算值

fixef(modelLME)

但是如何提取p值？

要提取整個隨機效應表，我們將其稱為

VarCorr(modelLME)

然后通過子設置函數[,]提取該表中的各個元素。 但是我不知道與VarCorr()等效的功能是什么固定效果。

Answer 1

您可以使用以下方法提取p值：

modelLME$tTable[,5]

    (Intercept)           group             rep       group:rep 
0.0000003012047 0.7666983225269 0.1051210824864 0.9976213300628 

通常，查看str(modelLME)有助於查找不同的組件。