R plot.gam错误“1中的错误：对象$ nsdf：长度为0的参数”

Question

我试图在R中绘制一个gam对象，这是我用gam包创建的。 我收到在1中的错误中报告的相同错误：对象$ nsdf：使用plot.gam时长度为0的参数 。 但是，在那里发现的解决方案，更新到最新版本（我认为），对我来说不起作用。 我正在运行R 3.3.1，gam 1.12和mgcv 1.8.12（mgcv是plot.gam函数的来源）。

不幸的是，我无法分享我正在使用的数据。 但是，以下代码 - 直接从Intro的p.294中提取。 使用R进行统计学习 - 为我重现错误：

library(gam)
library(ISLR) # contains the Wage dataset used here
gam.mod <- gam(wage ~ s(year, 4) + s(age, 5) + education, data = Wage)
plot(gam.mod)

有人知道这里发生了什么或如何解决它？

谢谢。

Answer 1

如果仍然收到此消息，则需要将mgcv和gam软件包更新到最新版本。 2018年2月， gam包发生了很大变化： 无法找到函数plot.gam 。 这意味着，由gam包安装的GAM现在具有“Gam”类，即使加载mgcv包， plot也不会选择mgcv::plot.gam来绘制它。

但是，在R会话中同时使用这两个包仍然是不安全的。 因此，强烈建议在2016年提出以下建议。

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建议

这个玩具功能可能是一个好主意，以检查R会话是否可以运行GAM分析。

GAM_status <- function () {
  if (all(c("gam", "mgcv") %in% .packages())) print("Not OK")
  else print("OK")
  }

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nsdf是严格自由度的数量 ，一个专用于mgcv的术语。 如你所述： mgcv是plot.gam函数的来源。

问题是你的R会话中有gam和mgcv两个不兼容的软件包。 你使用gam::gam适合你的gam.mod ，但是然后使用mgcv::plot.gam绘制模型。

注意，使用::通常是正确的将在这里失效。 通常当两个包具有一些内部掩盖的函数时， ::是补救措施。 但是，对于mgcv和gam ，这是完全不可能的。 所以我的建议是，如果你使用gam ，不要在你的R会话中触摸mgcv ，反之亦然。

所以，我开始一个新的R会议，并执行以下操作，一切都很好！

library(gam)
library(ISLR) # contains the Wage dataset used here
gam.mod <- gam(wage ~ s(year, 4) + s(age, 5) + education, data = Wage)
par(mfrow = c(2,2)); plot(gam.mod)

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谢谢您的回答。 我从来没有真正加载mgcv ，我只是假设它是gam的依赖。 我开始了一个新的R会话和你提供的代码。 我发现它实际上是导致同样问题的car库。

mgcv和gam并不相互依赖，但由于mgcv比gam更受欢迎，许多软件包依赖于mgcv ，例如， car ：

car: Companion to Applied Regression

Functions and Datasets to Accompany J. Fox and S. Weisberg, An R  Companion to
Applied Regression, Second Edition, Sage, 2011.
Version:    2.1-3
Depends:    R (≥ 3.2.0)
Imports:    MASS, mgcv, nnet, pbkrtest (≥ 0.4-4), quantreg, grDevices, utils,
            stats, graphics

注意“Imports”字段， library(car)会同时加载这些包。

Answer 2

我的mgcv版本是1.8-28，但我仍然有这个问题。 考虑将所有char变量转换为factor并重新运行gam()或bam() 。 这个对我有用。