R plot.gam錯誤“1中的錯誤：對象$ nsdf：長度為0的參數”

Question

我試圖在R中繪制一個gam對象，這是我用gam包創建的。 我收到在1中的錯誤中報告的相同錯誤：對象$ nsdf：使用plot.gam時長度為0的參數 。 但是，在那里發現的解決方案，更新到最新版本（我認為），對我來說不起作用。 我正在運行R 3.3.1，gam 1.12和mgcv 1.8.12（mgcv是plot.gam函數的來源）。

不幸的是，我無法分享我正在使用的數據。 但是，以下代碼 - 直接從Intro的p.294中提取。 使用R進行統計學習 - 為我重現錯誤：

library(gam)
library(ISLR) # contains the Wage dataset used here
gam.mod <- gam(wage ~ s(year, 4) + s(age, 5) + education, data = Wage)
plot(gam.mod)

有人知道這里發生了什么或如何解決它？

謝謝。

Answer 1

如果仍然收到此消息，則需要將mgcv和gam軟件包更新到最新版本。 2018年2月， gam包發生了很大變化： 無法找到函數plot.gam 。 這意味着，由gam包安裝的GAM現在具有“Gam”類，即使加載mgcv包， plot也不會選擇mgcv::plot.gam來繪制它。

但是，在R會話中同時使用這兩個包仍然是不安全的。 因此，強烈建議在2016年提出以下建議。

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建議

這個玩具功能可能是一個好主意，以檢查R會話是否可以運行GAM分析。

GAM_status <- function () {
  if (all(c("gam", "mgcv") %in% .packages())) print("Not OK")
  else print("OK")
  }

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nsdf是嚴格自由度的數量 ，一個專用於mgcv的術語。 如你所述： mgcv是plot.gam函數的來源。

問題是你的R會話中有gam和mgcv兩個不兼容的軟件包。 你使用gam::gam適合你的gam.mod ，但是然后使用mgcv::plot.gam繪制模型。

注意，使用::通常是正確的將在這里失效。 通常當兩個包具有一些內部掩蓋的函數時， ::是補救措施。 但是，對於mgcv和gam ，這是完全不可能的。 所以我的建議是，如果你使用gam ，不要在你的R會話中觸摸mgcv ，反之亦然。

所以，我開始一個新的R會議，並執行以下操作，一切都很好！

library(gam)
library(ISLR) # contains the Wage dataset used here
gam.mod <- gam(wage ~ s(year, 4) + s(age, 5) + education, data = Wage)
par(mfrow = c(2,2)); plot(gam.mod)

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謝謝您的回答。 我從來沒有真正加載mgcv ，我只是假設它是gam的依賴。 我開始了一個新的R會話和你提供的代碼。 我發現它實際上是導致同樣問題的car庫。

mgcv和gam並不相互依賴，但由於mgcv比gam更受歡迎，許多軟件包依賴於mgcv ，例如， car ：

car: Companion to Applied Regression

Functions and Datasets to Accompany J. Fox and S. Weisberg, An R  Companion to
Applied Regression, Second Edition, Sage, 2011.
Version:    2.1-3
Depends:    R (≥ 3.2.0)
Imports:    MASS, mgcv, nnet, pbkrtest (≥ 0.4-4), quantreg, grDevices, utils,
            stats, graphics

注意“Imports”字段， library(car)會同時加載這些包。

Answer 2

我的mgcv版本是1.8-28，但我仍然有這個問題。 考慮將所有char變量轉換為factor並重新運行gam()或bam() 。 這個對我有用。