在Ubuntu中执行python脚本默认为shell而不是bash

Question

我在Ubuntu中运行python脚本，该脚本依赖于要安装的软件包。 这些都已安装，因为我可以调用它们，但是脚本不能。

我认为这是因为脚本使用的是shell（sh）而不是bash版本。我收到以下错误消息：

sh: genomeCoverageBed: command not found

但可以在Bash中手动调用基因组覆盖：

ubuntu@fat:~/jonathan/scripty$ genomeCoverageBed 


Tool:    bedtools genomecov (aka genomeCoverageBed)
Version: v2.26.0

Summary: Compute the coverage of a feature file among a genome.

我的Stackoverflow问题的这一部分是误导和错误的！：

我已经将此shebang添加到我的python脚本的开头：

＃！/ bin / bash

但这并没有影响结果，

从脚本中删除该脚本仍会导致相同的错误消息，这是脚本的一部分：

for filename in os.listdir(folder):
if filename.endswith(".sorted.bam"):
    namefile = filename.replace(".sorted.bam", "_ncoverage.txt")
    folder_name = filename.replace(".sorted.bam", "")
    os.system("mkdir " + folder_name)
    os.system("coverageBed -s -d -a bam " + folder + filename + " -b " + gff_file + " > " + folder_name + "/" + namefile)

这是我运行此脚本时发生的情况：

ubuntu@fat:~/jonathan/script$ sudo python2.7 script1.py ./Folder/ ./Folder/ref.fasta genbank.gff
sh: coverageBed: command not found
sh: genomeCoverageBed: command not found
sh: genomeCoverageBed: command not found
sh: genomeCoverageBed: command not found
sh: coverageBed: command not found
sh: genomeCoverageBed: command not found
sh: genomeCoverageBed: command not found
sh: genomeCoverageBed: command not found
sh: coverageBed: command not found
sh: genomeCoverageBed: command not found
sh: genomeCoverageBed: command not found
sh: genomeCoverageBed: command not found
sh: coverageBed: command not found
sh: genomeCoverageBed: command not found
sh: genomeCoverageBed: command not found
sh: genomeCoverageBed: command not found
sh: coverageBed: command not found
sh: genomeCoverageBed: command not found
sh: genomeCoverageBed: command not found
sh: genomeCoverageBed: command not found
sh: coverageBed: command not found
sh: genomeCoverageBed: command not found
sh: genomeCoverageBed: command not found
sh: genomeCoverageBed: command not found
sh: coverageBed: command not found
sh: genomeCoverageBed: command not found
sh: genomeCoverageBed: command not found
sh: genomeCoverageBed: command not found
sh: coverageBed: command not found
sh: genomeCoverageBed: command not found
sh: genomeCoverageBed: command not found
sh: genomeCoverageBed: command not found
sh: coverageBed: command not found
sh: genomeCoverageBed: command not found
sh: genomeCoverageBed: command not found
sh: genomeCoverageBed: command not found

您是否对我的工作有任何建议，或者即使我处在正确的轨道上？ 谢谢你的帮助！

Answer 1

您使用的是错误的shebang

#!/bin/bash

当要求Linux shell运行文本文件（例如./myprogram.py ）时，它将查看shebang以确定应使用哪个程序来解释文本。 在您的情况下，您要求外壳程序运行/bin/bash另一个外壳程序，它试图将python脚本解释为外壳程序脚本。

你可以用不同的方式写shebang

#!/usr/bin/env python3

这告诉外壳程序运行/usr/bin/env ，它将在PATH中搜索名为pythnon3 。 现在，您为当前环境运行python安装程序。 默认情况下，它是系统python，但是如果您在python虚拟环境中运行，它将运行该 python。

shebang仅在linuxy系统上使用，仅在使脚本可执行并直接运行它时使用。 如果在Windows（cygwin或其他类似Unix的外壳程序之外）上运行或直接运行python（ python /path/to/myscript.py ），则不使用它。

Answer 2

正如评论中提到的@tdelaney一样，您的shebang正在调用subshel​​l。 您需要使用以下类似内容，才能将python用作执行该文件的程序：

#! /usr/bin/env python

Answer 3

如果您输入＃！/ bin / bash，Ubuntu将不会在python中运行python文件，该文件将在bash中打开。 尝试放入＃！/ usr / bin / python或＃！/ usr / bin / env python

Answer 4

我关注了这篇文章：

https://unix.stackexchange.com/questions/83191/how-to-make-sudo-preserve-path

并添加：

sudo env“ PATH = $ PATH”

到我的命令开始，这解决了我的问题！

感谢所有的帮助！