R中具有p值的2个数据帧的相关检验

Question

我有2个数据帧，彼此不同，我需要对使用R的cor.test()函数的数据帧进行关联。

我的数据框具有相同的列数，但行彼此不同。

例如，融化之后（使用reshape包中的melt()函数），我的数据框如下所示：

这些数据帧中的每一个都有84列，并且行数各不相同：

head(df1)


ID  variable    value
ENSG60  AE02_ID 7.408430
ENSG53  AE02_ID 0.000000
ENSG94  AE02_ID 2.556464
ENSG49  AE02_ID 0.032384
ENSG9   AE02_ID 0.000000

和head(df2) ：

ID  variable value
ENSG3   AE02_ID 0.000001
ENSG1   AE02_ID 0.329180
ENSG8   AE02_ID 0.000000
ENSG10  AE02_ID 29.157761
ENSG20  AE02_ID 0.633884

我使用以下R脚本进行分析，该脚本返回Spearman系数：

result <- apply(mat1, 2, function(col_mat1){
  apply(mat2, 2, function(col2, col1) {
    cor.test(col2, col1, method = "spearman")$estimate # this returns the p-value of the cor.test
  }, col1=col_mat1)
})

当我尝试为上述功能添加p.value时：

result <- apply(mat1, 2, function(col_mat1){
  apply(mat2, 2, function(col2, col1) {
    cor.test(col2, col1, method = "spearman")cbind($estimate,$p.value) # this returns the p-value of the cor.test
  }, col1=col_mat1)
})

它返回一条错误消息。

任何建议或帮助将是巨大的。 谢谢。 期望的结果是这样的，

    df1     df2     Coefficient     P.value
    ENSG60  ENSG3   0.1828591281    0.00546547
    ENSG53  ENSG1   0.021038182 0.021038182
    ENSG94  ENSG8   -0.0683044433   0.000657

Answer 1

您没有给出可复制的示例，但是我认为您的内部函数需要进行一些轻微的修改（例如），如下所示：

function(col2, col1) {
    cc <- cor.test(col2, col1, method = "spearman")
    cbind(cc$estimate,cc$p.value)
}