[英]cor.test correlation for 2 data frames with p-value in R
我有2個數據幀,彼此不同,我需要對使用R
的cor.test()
函數的數據幀進行關聯。
我的數據框具有相同的列數,但行彼此不同。
例如,融化之后(使用reshape
包中的melt()
函數),我的數據框如下所示:
這些數據幀中的每一個都有84列,並且行數各不相同:
head(df1)
ID variable value
ENSG60 AE02_ID 7.408430
ENSG53 AE02_ID 0.000000
ENSG94 AE02_ID 2.556464
ENSG49 AE02_ID 0.032384
ENSG9 AE02_ID 0.000000
和head(df2)
:
ID variable value
ENSG3 AE02_ID 0.000001
ENSG1 AE02_ID 0.329180
ENSG8 AE02_ID 0.000000
ENSG10 AE02_ID 29.157761
ENSG20 AE02_ID 0.633884
我使用以下R
腳本進行分析,該腳本返回Spearman系數:
result <- apply(mat1, 2, function(col_mat1){
apply(mat2, 2, function(col2, col1) {
cor.test(col2, col1, method = "spearman")$estimate # this returns the p-value of the cor.test
}, col1=col_mat1)
})
當我嘗試為上述功能添加p.value時:
result <- apply(mat1, 2, function(col_mat1){
apply(mat2, 2, function(col2, col1) {
cor.test(col2, col1, method = "spearman")cbind($estimate,$p.value) # this returns the p-value of the cor.test
}, col1=col_mat1)
})
它返回一條錯誤消息。
任何建議或幫助將是巨大的。 謝謝。 期望的結果是這樣的,
df1 df2 Coefficient P.value
ENSG60 ENSG3 0.1828591281 0.00546547
ENSG53 ENSG1 0.021038182 0.021038182
ENSG94 ENSG8 -0.0683044433 0.000657
您沒有給出可復制的示例,但是我認為您的內部函數需要進行一些輕微的修改(例如),如下所示:
function(col2, col1) {
cc <- cor.test(col2, col1, method = "spearman")
cbind(cc$estimate,cc$p.value)
}
聲明:本站的技術帖子網頁,遵循CC BY-SA 4.0協議,如果您需要轉載,請注明本站網址或者原文地址。任何問題請咨詢:yoyou2525@163.com.