[英]Raster correlation and p-values from cor.test
我正在嘗試使用cor
和cor.test
兩個光柵磚之間的像素級相關性和顯着性(p 值)。 我的數據在這里:
它們都相當小,總共不到 2MB。
我在之前關於 StackOverflow 和 r-sig-geo 的討論中發現了以下兩個代碼(均來自 Robert Hijmans):
#load data
require(raster)
sa <- brick("rain.grd")
sb <- brick("pet.grd")
# code 1
funcal <- function(xy) {
xy <- na.omit(matrix(xy, ncol=2))
if (ncol(xy) < 2) {
NA
} else {
cor(xy[, 1], xy[, 2])
}
}
s <- stack(sa, sb)
calc(s, funcal)
# code 2
stackcor <- function(s1, s2, method='spearman') {
mycor <- function(v) {
x <- v[1:split]
y <- v[(split+1):(2*split)]
cor(x, y, method=method)
}
s <- stack(s1, s2)
split <- nlayers(s)/2
calc(s, fun=mycor )
}
兩個代碼都按預期使用cor
函數生成相關網格。 但是,我嘗試用cor.test
替換cor
以提取 p 值:
# using the first code
funcal <- function(xy) {
xy <- na.omit(matrix(xy, ncol=2))
if (ncol(xy) < 2) {
NA
} else {
cor.test(xy[, 1], xy[, 2],method="pearson")$p.value
}
}
s <- stack(sa, sb)
calc(s, funcal)
我遇到了以下錯誤(在 RStudio 中有引用):
Error in cor.test.default(xy[, 1], xy[, 2], method = "pearson") :
not enough finite observations
8 stop("not enough finite observations")
7 cor.test.default(xy[, 1], xy[, 2], method = "pearson")
6 cor.test(xy[, 1], xy[, 2], method = "pearson")
5 FUN(newX[, i], ...)
4 apply(v, 1, fun)
3 .local(x, fun, ...)
2 calc(meistack, brick.cor.pval)
1 calc(meistack, brick.cor.pval)
在之前的 r-sig-geo 討論中,用戶曾詢問過此錯誤,但未得到答復。 所以我再次詢問並收到了對我的詢問的回復,其中一位用戶指出cor
能夠輸入矩陣而cor.test
不能,但即使在將數據轉換為數字向量之后:
cor.pval <- function(xy) { # Pearson product moment correlation
xy <- na.omit(as.matrix(xy, ncol=2))
x <- xy[,1:11]
y <- xy[,12:22]
# if (ncol(xy) < 2) {
# NA
#} else {
cor.test(x[1,], y[1,])$p.value
#}
}
calc(s, cor.pval)
我面臨以下錯誤:
Error in .calcTest(x[1:5], fun, na.rm, forcefun, forceapply) :
cannot use this function
我想知道是否有人可以幫助解決這個問題?
我的 sessionInfo() 如下:
R version 3.0.1 (2013-05-16)
Platform: x86_64-w64-mingw32/x64 (64-bit)
locale:
[1] LC_COLLATE=English_United States.1252 LC_CTYPE=English_United States.1252
[3] LC_MONETARY=English_United States.1252 LC_NUMERIC=C
[5] LC_TIME=English_United States.1252
attached base packages:
[1] grid stats graphics grDevices utils datasets methods base
other attached packages:
[1] car_2.0-18 nnet_7.3-7 MASS_7.3-29 rgdal_0.8-11
[5] plyr_1.8 rasterVis_0.21 hexbin_1.26.2 latticeExtra_0.6-26
[9] RColorBrewer_1.0-5 lattice_0.20-23 raster_2.1-49 maptools_0.8-27
[13] sp_1.0-13
loaded via a namespace (and not attached):
[1] foreign_0.8-55 tools_3.0.1 zoo_1.7-10
謝謝!
此處的區別在於,它們與空向量的行為不同。
cor(numeric(0), numeric(0))
# -> NA
cor.test(numeric(0), numeric(0))
#-> Error in cor.test.default(numeric(0), numeric(0)) :
# not enough finite observations
您的na.omit
似乎可以從某些組合中刪除所有記錄。 現在,您只需要檢查列數,還應該檢查是否有行。
這個
funcal <- function(xy) {
xy <- na.omit(matrix(xy, ncol=2))
if (ncol(xy) < 2 | nrow(xy)<1) {
NA
} else {
cor.test(xy[, 1], xy[, 2], method="pearson")$p.value
}
}
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