在OSX上使用openMP支持编译cython

Question

我正在使用OSX v10.11.6并安装了最新版本的xcode。 所以我的默认编译器是gcc ，这真的很clang 。 我使用自制软件来安装gcc5以便我可以使用openMP，并在我的Makefiles中设置CC := g++-5作为我在C中的源代码，我可以成功编译C源代码，并且非常简单地使用-fopenmp。

我想要做的就是用Cython与gcc5编译，这样我可以用用Cython的本地PRANGE功能，如小例子证明了这里 。 我在这个要点中写了一个最小的例子，借用了Neal Hughes页面。 当我尝试使用setup.py编译omp_testing.pyx ，我得到一个（可能无关的）警告和致命错误：

cc1plus: warning: command line option '-Wstrict-prototypes' is valid for C/ObjC but not for C++
omp_testing.cpp:1:2: error: #error Do not use this file, it is the result of a failed Cython compilation.
 #error Do not use this file, it is the result of a failed Cython compilation.
  ^
error: command 'g++-5' failed with exit status 1

看完如何告诉distutils使用gcc？ ，我试图在setup.py设置CC环境变量，但这不起作用。 我应该如何修改我的Cython setup.py文件以使用g ++ - 5进行编译？

Answer 1

显然，Apple不久前放弃了OpenMP的支持，因此，您无法使用标准gcc编译包含此依赖关系的代码。 解决这个问题的一个好方法是安装LLVM并使用它进行编译。 这是对我有用的序列：

安装LLVM：

brew install llvm

在Open.py中包含OpenMP标志（-fopenmp -lomp）：

from distutils.core import setup
from distutils.extension import Extension
from Cython.Build import cythonize, build_ext


exts = [Extension(name='name_of_your_module',
                  sources=['your_module.pyx'],
                  extra_compile_args=['-fopenmp'],
                  extra_link_args=['-lomp']
                  )]

import numpy as np

setup(name = 'name_of_your_module',
      ext_modules=cythonize(exts,
      include_dirs=[np.get_include()],
      cmdclass={'build_ext': build_ext})

然后使用LLVM编译代码：

CC=/usr/local/opt/llvm/bin/clang++ python setup.py build_ext --inplace

这应该导致并行化的.so