如何使用 R 中的多路包在并行因子分析中为非负性设置约束？

Question

我想使用荧光光谱数据进行平行因子分析 (PARAFAC)。 我有一个三维数组 (39x151x43)，我将它传递给“multiway”包中的 parafac 函数。 到目前为止，它运行良好，但我得到了一些组件的负值。

我在手册中读到，可以为非负性指定约束。 但是，我不明白约束选项的向量应该是什么样子。 当我尝试执行以下操作时，我收到一条错误消息，指出“输入‘const’必须是为每种模式指定约束的 3 元素向量”

#### creating dummy values for Stackoverflow ####
A <- c(1:39)
B <- rnorm(151, mean =1, sd=0.5)
C <- rnorm(43, mean=1, sd = 0.5)

myArray <- array(c(A,B,C), dim = c(39,151,43))
dim(myArray)

library(multiway)  # load the library
myModel <- parafac(myArray, nfac = 3) # how to set const? 
#Input 'const' must be  3  element vector specifying constraint for each mode

一些研究无济于事。 向量应该如何显示以便 parafac 函数接受它？

Answer 1

约束向量的参数为无约束：0，正交：1，非负：2。

如果所有三个输入 A、B、C 都为非负，则约束向量应为const=c(2,2,2)

#Always remember to use set.seed when performing random sampling
#this ensures the example is reproducible 

set.seed(123)
A <- c(1:39)
B <- rnorm(151, mean =1, sd=0.5)
C <- rnorm(43, mean=1, sd = 0.5)

myArray <- array(c(A,B,C), dim = c(39,151,43))
dim(myArray)

library(multiway)

#Without constraints  
myModel_Default <- parafac(myArray, nfac = 3) 

#Percentage of negative elements

sum(myModel_Default$A<0)/length(myModel_Default$A)
#[1] 0.3333333
sum(myModel_Default$B<0)/length(myModel_Default$B)
#[1] 0.6865342
sum(myModel_Default$C<0)/length(myModel_Default$C)
#[1] 0.3488372

#With constraints

myModel_NonNeg <- parafac(myArray, nfac = 3,const=c(2,2,2))

sum(myModel_NonNeg$A<0)/length(myModel_NonNeg$A)
#[1] 0
sum(myModel_NonNeg$B<0)/length(myModel_NonNeg$B)
#[1] 0
sum(myModel_NonNeg$C<0)/length(myModel_NonNeg$C)
#[1] 0