igraph r估计大型网络的网络集中度度量需要多长时间

Question

我有300000个节点和800000个边的网络。 R中的igraph程序包需要多长时间才能计算每个节点的网络集中度（包括紧密度和中间度）。

Answer 1

相邻性和紧密性的运行时间都是二次的，因此随着节点数量的增加而大大增加。 这些作者估计需要7,000秒才能计算出具有325,000条边的图的中间性。 具有80万条边的图形将花费更长的时间。

igraph确实有大图特殊功能- estimate_betweenness和estimate_closeness ，该手册上说是不能在运行二次。 您定义一个截止值，这是将包含在计算中的最大路径长度。 传统上，中间性考虑任何长度的路径。 定义一个截断将大大减少运行时间：

> lg <- erdos.renyi.game(300000,800000,type="gnm")
> ptm <- proc.time()
> igraph::estimate_betweenness(lg, cutoff = 3)[1:10]
 [1]  29  12  14  90  29  98  69  48 200  86
> proc.time() - ptm
   user  system elapsed 
 27.605   0.327  30.113 

〜30秒 这是在双核Macbook播放机上。 随着截止值的增加，运行时间也会增加。

当然，要权衡的是，您要对每个节点的中间度得分进行估算，而不是直接计算。

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参考：

Kang，U.，Papadimitriou，S.，Sun，J.，＆Tong，H.（2011年4月）。 大型网络中的中心：算法和观察。 在2011年SIAM数据挖掘国际会议论文集（第119-130页）中。 工业和应用数学协会。 链接