[英]How to Install openbabel for Python 3.6 on macOS Sierra 10.12.3
我正在使用Python编写脚本来处理博士学位中的某些化学结构。 我想为python安装openbabel库。 我已尽力而为,但无法在Windows上安装它。 我早些时候发布了一个有关在Windows上安装它的问题,该问题在Windows 10中如何为Python 3.6安装openbabel? 但找不到解决方案。 该解决方案安装了该库,但无法运行,并且无法连接到SWIG。 不,我试图在过去5个小时的Mac办公电脑上安装它,但我不知道发生了什么。 我试图从Opnbabel的源代码安装它,并将其与python3链接,但是这引起了问题。 如果我使用以下命令:
cmake ../ -DPYTHON_BINDINGS=ON -DRUN_SWIG=ON
它成功地将其链接到我不想要的Python 2.7。 当我尝试以下选项时,它显示以下错误:
cmake ../ -DPYTHON_EXECUTABLE=/usr/bin/python3 -DPYTHON_BINDINGS=ON -DRUN_SWIG=ON
要么
cmake ../ -DRUN_SWIG=ON -DPYTHON_EXECUTABLE=/usr/bin/python3 -DPYTHON_INCLUDE_DIR=/Library/Frameworks/Python.framework/Versions/3.5/include/python3.5m -DPYTHON_LIBRARY=/Library/Frameworks/Python.framework/Versions/3.5/lib/libpython3.5m.dylib -DPYTHON_BINDINGS=ON
在大量成功输出后,最终会出现以下错误:
-- Found PythonInterp: /usr/bin/python3.6 (found version "1.4")
-- Found SWIG: /usr/local/bin/swig (found version "3.0.12")
-- Found SWIG: /usr/local/bin/swig (found suitable version "3.0.12", minimum required is "2.0")
-- Found PythonLibs: /usr/local/Cellar/python3/3.6.0/Frameworks/Python.framework/Versions/3.6/lib/libpython3.6m.dylib (found version "3.6.0")
-- Python bindings will be compiled
CMake Error at scripts/CMakeLists.txt:120 (install):
install TARGETS given no LIBRARY DESTINATION for module target
"bindings_python".
CMake Error at scripts/CMakeLists.txt:123 (install):
install FILES given no DESTINATION!
CMake Error at scripts/CMakeLists.txt:126 (install):
install FILES given no DESTINATION!
-- Configuring incomplete, errors occurred!
See also "/usr/local/Cellar/obabel/openbabel-master/ali/CMakeFiles/CMakeOutput.log".
See also "/usr/local/Cellar/obabel/openbabel-master/ali/CMakeFiles/CMakeError.log".
我不确定为什么它将Python检测为v1.4 -- Found PythonInterp: /usr/bin/python3.6 (found version "1.4")
而不是找到v.3.5。 我也尝试了python 3.6的所有过程,但是发生了相同的错误。 我还使用从github获得的openbabel,据说在下面的文章中使用这些命令: http : //forums.openbabel.org/OpenBabel-for-Python-3-td4659432.html但它不起作用也一样 请帮助我,因为我需要此模块来进行研究。 谢谢
我找到了解决方案。 这是详细的解决方案:
从其原始来源( https://github.com/openbabel/openbabel )下载Open Babel
解压缩并放入CD(openbabel-master)
使目录“ build”并进入cd。
运行以下命令:
cmake ../ -DPYTHON_EXECUTABLE=/Library/Frameworks/Python.framework/Versions/3.5/bin/python3 -DPYTHON_BINDINGS=ON -DRUN_SWIG=ON
在上面的命令中,“-DPYTHON_EXECUTABLE”开关告诉它找到Python3解释器的路径。 您可以在终端上通过which python3
进行检查。
make
make install
全部做完! :)
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