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只能在OSX上导入rpy2中的某些包,其他包含SIGSEGV错误

[英]Can only import some packages in rpy2 on OSX, others error with SIGSEGV

我最近从Windows切换到OSX。 我有一些使用rpy2的脚本,我无法在OSX上工作,我不知道如何进一步解决问题。 我已经看到其他几个类似的问题具有相同的分段错误错误,但大多数都没有接受的答案。

我使用Anaconda(技术上,miniconda)作为包管理器并安装了R 3.3.2。 我使用的rpy2版本是2.8.5。 我已经从Python站点的下载中单独安装了Python(2.7.13),因此它与miniconda版本分开。

我使用PyCharm作为我的IDE并且我不是100%确定正在使用正确的python可执行文件(我读过不使用预安装的mac)但我的python控制台显示“Continuum Analytics”所以我不知道我认为这是问题所在。 我已经将我的解释器配置为使用我为项目设置的conda环境中的二进制文件。

这是重新创建错误的最小代码量...

这些都没有问题:

import rpy2
import rpy2.rinterface
import rpy2.rlike

所有这些都会引发错误:

import rpy2.robjects
import rpy2.interactive
import rpy2.ipython

Process finished with exit code 139 (interrupted by signal 11: SIGSEGV)

听起来像安装问题。 尝试安装rpy2

pip install rpy2

我在我的conda环境中更改了R_HOME并且它完成了诀窍:

export R_HOME=/Users/<username>/anaconda3/envs/<env>/lib/R

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