创建具有隔离节点的igraph

Question

我对此有一个类似的问题： 使用igraph读取具有隔离节点的邻接表

我想绘制一些没有关系的节点。 但是由于某种原因，上面线程中提到的解决方案不起作用

我的资料

data <- data.frame(ID = c(143918,176206,210749,219170,247818,314764,321459,335945,339637,700689,712607,712946,735907,735907,735907,735907,735907,735907,735908,735908,735908,735908,735908,735908,735910,735911,735912,735913,746929,746929,747540,755003,767168,775558,776656,794173,794175,807493), relation = c(111098,210749,176206,NA,NA,NA,NA,NA,NA,807493,NA,NA,735908,735910,735911,735912,735913,767168,735907,735910,735911,735912,735913,767168,NA,NA,NA,NA,NA,100723,NA,NA,NA,776656,775558,NA,NA,700689))

这将导致显示还显示孤立节点的图：

v<-unique(data[,1])
e <- na.omit(data)

g<-graph.data.frame(e, vertices = v, directed = T)
plot(g)

由于某种原因，我收到错误消息：“边缘列表中的某些顶点名称未在顶点数据框中列出”。

我希望有人能告诉我我做错了什么以及如何解决此问题。 谢谢

编辑：paqmo回答了我的问题，谢谢！

但是，我的任务需要其他方法。 关系中但第一行中缺少的ID是位于不同位置的人员。 在保留第一行中每个孤立的人的同时，应该省略这些内容。 我为此的解决方案现在使用data.table：

v <- unique(c(data[,1]))
v <- as.data.frame(v)
e <- data
setDT(v);setDT(e)
setkey(v)
setkey(e, relation)
e <- e[v]
e <- na.omit(e)
g<-graph.data.frame(e, vertices = v, directed = T)
plot(g)

任何关于更好/更有效解决方案的建议都将受到欢迎。

Answer 1

似乎您尝试两次提供顶点名称，即一次提供e的第一列，然后再次提供一个参数vertices = v 。

也许您真正想要的只是

g <- graph.data.frame(e, directed = T)
plot(g)

Answer 2

您需要根据对象data 两列定义顶点列表。 在第1列中有一些顶点，在第2列中有一些顶点。在第2列中缺少那些顶点。

您可以使用%in%进行检查：

> c(e[,1], e[,2]) %in% v
 [1]  TRUE  TRUE  TRUE  TRUE  TRUE  TRUE  TRUE  TRUE  TRUE  TRUE  TRUE  TRUE  TRUE  TRUE  TRUE  TRUE  TRUE  TRUE
[19]  TRUE  TRUE FALSE  TRUE  TRUE  TRUE  TRUE  TRUE  TRUE  TRUE  TRUE  TRUE  TRUE  TRUE  TRUE  TRUE  TRUE  TRUE
[37] FALSE  TRUE  TRUE  TRUE

如您所见， e中有2个元素不在v 。 因此，您得到的错误消息也是如此。

通过获取data中两列的唯一值（减去NA）来创建顶点列表v 。

data <- data.frame(ID = c(143918,176206,210749,219170,
                          247818,314764,321459,335945,
                          339637,700689,712607,712946,
                          735907,735907,735907,735907,
                          735907,735907,735908,735908,
                          735908,735908,735908,735908,
                          735910,735911,735912,735913,
                          746929,746929,747540,755003,
                          767168,775558,776656,794173,
                          794175,807493), 
                   relation = c(111098,210749,176206,
                                NA,NA,NA,NA,NA,NA,807493,
                                NA,NA,735908,735910,735911,
                                735912,735913,767168,735907,
                                735910,735911,735912,735913,
                                767168,NA,NA,NA,NA,NA,100723,
                                NA,NA,NA,776656,775558,NA,NA,700689))

v <- unique(c(data[,1], data[,2])) #Define v from both columns in data
v <- na.omit(v)
e <- na.omit(data)

g<-graph.data.frame(e, vertices = v, directed = T)
plot(g)