如何使子流程对象将输出保存到临时文件，然后从临时文件获取值？

Question

我目前在我的Python代码中使用的是基于Unix的可执行文件，以便分析某些DNA序列。 运行分析之后，此特定的可执行文件将输出写入文件，然后由我的代码读取并从文件中获取相关值。

由于除了产生一些值外，文件并不需要任何其他内容，因此我决定将其设为一个临时文件，在从该文件中获取必要的信息后将其删除。 但是，我为建立代码来完成此工作的努力已证明是徒劳的。

import subprocess as sb
import tempfile

def calculate_complex_mfe(DNA_seq):
    complex_seq= str(DNA_seq)
    with tempfile.NamedTemporaryFile as mfefile:
        p= sb.Popen(['/Users/john/Documents/Biology/nupack3.0.6/bin/mfe', '-T', '41'], stdin=sb.PIPE, stdout=sb.PIPE, env=my_env)
        strb = (mfefile+'\n'+ complex_seq + '\n').encode('utf-8')
        data = p.communicate(input=strb)
        mfe= float(open(mfefile+'.mfe').readlines()[14])
    return mfe

我应该注意，将strb变量设置为与运行可执行文件所需的格式匹配。 同样值得的是，下面使用了我正常运行的原始代码。

def calculate_complex_mfe(DNA_seq):
    complex_seq= str(DNA_seq)
    filename= "mfe-file"
    p= sb.Popen(['/Users/john/Documents/Biology/nupack3.0.6/bin/mfe', '-T', '41'], stdin=sb.PIPE, stdout=sb.PIPE, env=my_env)
    strb = (filename+'\n'+ complex_seq + '\n').encode('utf-8')
    data = p.communicate(input=strb)
    mfe= float(open(filename+'.mfe').readlines()[14])
    return mfe

谁能告诉我如何为可执行文件的输出创建一个临时文件，以便从中获取一些值？

Answer 1

从文档中：

NamedTemporaryFile（mode ='w + b'，buffering = -1，encoding = None，newline = None，suffix =''，prefix ='tmp'，dir = None，delete = True）创建并返回一个临时文件。

返回带有文件状接口的对象； 文件名可以通过file.name访问。 除非“ delete”参数设置为False，否则文件将在关闭时自动删除。

您不需要写入文件句柄，只需要创建一个临时文件名 ，而无需打开一个临时文件。 只需替换：

filename= "mfe-file"

通过

filename = tempfile.mktemp()

在第二个代码段中为您生成一个临时文件名（完整路径）

完成操作后，不要忘记对其进行os.remove(filename) 。