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[英]Using joblib makes python consume increasing amounts of RAM as the script runs
[英]Many dictionaries using massive amounts of RAM
我有一个非常简单的Python脚本来创建(用于测试目的),列表中有3500万个字典对象。 每个字典对象包含两个键/值对。 例如。
{'Name': 'Jordan', 'Age': 35}
该脚本非常简单地对名称和年龄进行查询,搜索字典列表并返回包含所有匹配字典条目索引的新列表。
但是,如下所示, 消耗了大量内存 。 我认为我在某个地方犯了一个非常天真的错误。
我的代码如下:(如果更具可读性,也可以在图像中查看)。
import sys
# Firstly, we will create 35 million records in memory, all will be the same apart from one
def search(key, value, data, age):
print("Searching, please wait")
# Create list to store returned PKs
foundPKS = []
for index in range(0, len(data)):
if key in data[index] and 'Age' in data[index]:
if data[index][key] == value and data[index]['Age'] >= age:
foundPKS.append(index)
results = foundPKS
return results
def createdata():
# Let's create our list for storing our dictionaries
print("Creating database, please wait")
dictList = []
for index in range(0, 35000000):
# Define dictionary
record = {'Name': 'Jordan', 'Age': 25}
if 24500123 <= index <= 24500200:
record['Name'] = 'Chris'
record['Age'] = 33
# Add the dict to a list
dictList.append(record)
return dictList
datareturned = createdata()
keyname = input("For which key do you wish to search?")
valuename = input("Which values do you want to find?")
valueage = input("What is the minimum age?")
print("Full data set object size:" + str(sys.getsizeof(datareturned)))
results = search(keyname, valuename, datareturned, int(valueage))
if len(results) > 0:
print(str(len(results)) + " found. Writing to results.txt")
fo = open("results.txt", "w")
for line in range(0, len(results)):
fo.write(str(results[line]) + "\n")
fo.close()
什么导致大量消耗RAM?
dict
对象的开销非常大。 这取决于您的Python版本和系统架构,但取决于Python 3.5 64位
In [21]: sys.getsizeof({})
Out[21]: 288
所以估计:
250*36e6*1e-9 == 9.0
所以这是一个下限在千兆字节我的内存使用情况,如果我创造了很多字典,而不是在保理list
!
而不是使用dict作为记录类型,而不是用例,请使用namedtuple
。
为了了解这是如何比较的,让我们设置一个等效的元组列表:
In [23]: Record = namedtuple("Record", "name age")
In [24]: records = [Record("john", 28) for _ in range(36000000)]
In [25]: getsizeof = sys.getsizeof
考虑:
In [31]: sum(getsizeof(record)+ getsizeof(record.name) + getsizeof(record.age) for record in records)
Out[31]: 5220000000
In [32]: _ + getsizeof(records)
Out[32]: 5517842208
In [33]: _ * 1e-9
Out[33]: 5.517842208
所以5演出是一个相当保守的上限。 例如,它假设没有小型int缓存,对于记录类型的年龄而言 ,这将完全重要。 在我自己的系统上,python进程正在注册2.7 GB的内存使用量(通过top
)。
因此,在我的机器中实际发生的事情更好地建模为保守字符串假设 - 平均大小为10的唯一字符串,因此没有字符串实习 - 但是对于整数而言是自由的,假设int-caching正在处理我们的int
对象,所以我们只需要担心8字节的指针!
In [35]: sum(getsizeof("0123456789") + 8 for record in records)
Out[35]: 2412000000
In [36]: _ + getsizeof(records)
Out[36]: 2709842208
In [37]: _ * 1e-9
Out[37]: 2.709842208
对于我从top
观察的内容来说,这是一个很好的模型。
现在,如果你真的想把数据塞入ram,那么你将不得不失去Python的灵活性。 您可以将array
模块与struct
结合使用,以获得类似C的内存效率。 一个更容易涉足的世界可能是numpy
,这允许类似的事情。 例如:
In [1]: import numpy as np
In [2]: recordtype = np.dtype([('name', 'S20'),('age', np.uint8)])
In [3]: records = np.empty((36000000), dtype=recordtype)
In [4]: records.nbytes
Out[4]: 756000000
In [5]: records.nbytes*1e-9
Out[5]: 0.756
请注意,我们现在可以非常紧凑。 我可以使用8位无符号整数(即单个字节)来表示年龄。 但是,我立即面临一些不灵活性:如果我想要有效存储字符串,我必须定义最大尺寸。 我用了'S20'
,这是20个字符。 这些是ASCII字节,但是20个ascii字符的字段可能足以满足名称。
现在, numpy
为您提供了许多包装C编译代码的快速方法。 所以,只是为了解决它,让我们用一些玩具数据填充我们的记录。 名称将只是简单计数的数字串,年龄将从正态分布中选择,平均值为50,标准差为10。
In [8]: for i in range(1, 36000000+1):
...: records['name'][i - 1] = b"%08d" % i
...:
In [9]: import random
...: for i in range(36000000):
...: records['age'][i] = max(0, int(random.normalvariate(50, 10)))
...:
现在,我们可以使用numpy来查询我们的records
。 例如,如果您希望记录的索引具有某些条件 ,请使用np.where
:
In [10]: np.where(records['age'] > 70)
Out[10]: (array([ 58, 146, 192, ..., 35999635, 35999768, 35999927]),)
In [11]: idx = np.where(records['age'] > 70)[0]
In [12]: len(idx)
Out[12]: 643403
所以643403
年龄> 70
记录。 现在,让我们试试100
:
In [13]: idx = np.where(records['age'] > 100)[0]
In [14]: len(idx)
Out[14]: 9
In [15]: idx
Out[15]:
array([ 2315458, 5088296, 5161049, 7079762, 15574072, 17995993,
25665975, 26724665, 28322943])
In [16]: records[idx]
Out[16]:
array([(b'02315459', 101), (b'05088297', 102), (b'05161050', 101),
(b'07079763', 104), (b'15574073', 101), (b'17995994', 102),
(b'25665976', 101), (b'26724666', 102), (b'28322944', 101)],
dtype=[('name', 'S20'), ('age', 'u1')])
当然,一个主要的缺点是numpy
数组的大小 。 调整大小的操作很昂贵。 现在,你可以在一些类中包装一个numpy.array
,它将作为一个有效的主干,但在那时,你也可以使用一个真正的数据库。 幸运的是,Python附带了sqlite
。
我们来看看这个
>>> import sys
>>> sys.getsizeof({'Name': 'Jordan', 'Age': 25}) * 35000000
10080000000
所以~10 GB。 Python正在做你要求它做的事情。
您需要将其拆分为夹头并按顺序检查它们。 以此为出发点
...列表中有3500万个字典对象。 每个字典对象包含两个键/值对。 例如。 {'姓名':'乔丹','年龄':35}
你是对的,这种存储方式有相当大的开销。
Flyweight设计模式表明该解决方案涉及分解共性。 以下是两种相同数据的替代存储方案,具有更好的空间利用率。
您可以使用__slots__来节省类的实例空间(这会禁止创建每个实例的字典):
class Person(object):
__slots__ = ['Name', 'Age']
s = [Person('Jordan', 35), Person('Martin', 31), Person('Mary', 33)]
使用像一对并行列表这样的密集数据结构更加节省空间:
s_name = ['Jordan', 'Martin', 'Mary']
s_age = [35, 31, 33]
如果在数据复制,您节省更多的空间实习值:
s_name = map(intern, s_name)
或者在Python 3中:
s_name = list(map(sys.intern, s_name)
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