Python Networkx到R igraph转换时出错

Question

我正在尝试将以下Python代码（对于Networkx ）转换为R（对于igraph ）。

# Python code

import csv
import networkx as nx
import urllib

DG=nx.DiGraph()

dogcsv=csv.DictReader(open("dogs.csv","rU"))

dogid=0

nodeStr=['id', 'species',   'Location 1', 'Location 2']

nodeInt=['sumflu']

fluCols=['Influenza-1', 'Influenza-2', 'Influenza-3', 'Influenza-4',
'Influenza-5', 'Influenza-6', 'Influenza-7', 'Influenza-8', 'Influenza-9']

for flu in fluCols:
    DG.add_node(flu,typ="species")

for row in dogcsv:
    dogID='animal'+str(dogid)
    DG.add_node(dogID,typ='animal')
    for dog in nodeStr:
        DG.node[dogID][dog]=row[dog]
    for dog in nodeInt:
        DG.node[dogID][dog]=int(row[dog])
    for flu in fluCols:
        if str(row[flu])=='1':
            DG.add_edge(dogID,flu)
    dogid=dogid+1

---

以下是我尝试从Python到R的部分转换。

# R code

library("data.table")
library("igraph")

dogs <- make_empty_graph()

dogcsv <- fread("dogs.csv")

dogid <- 0

nodeStr <- c("id", "species", "Location 1", "Location 2")

nodeInt <- "sumflu"

fluCols <- c("Influenza-1", "Influenza-2", "Influenza-3", "Influenza-4", 
"Influenza-5", "Influenza-6", "Influenza-7", "Influenza-8")

for(flu in fluCols) {
dogs[flu] <- dogs %>% add_vertices(8) %>% add_vertices(dogs[flu], typ = "host")
    }

这是我运行R代码的最后一部分时收到的错误代码：

Error in intI(i, n = x@Dim[1], dn[[1]], give.dn = FALSE) : 
  no 'dimnames[[.]]': cannot use character indexing

在Python Networkx ，可以通过graphname.function（例如DG.add_node(dogID,typ='animal') ）来调用该图。

R的igraph是否有与之等效的igraph ？

有什么方法可以调用R的igraph的节点，而不必定义节点数？

另外，您是否会提供有关完成到R的翻译的提示或建议？

谢谢。

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以下包含.csv数据：

id，种类，位置1，位置2，动物id，sumvirus，流行性感冒1，流行性感冒2，流行性感冒3，流行性感冒4，流行性感冒5，流行性感冒6，流行性感冒7，流行性感冒8，流行性感冒9
YUI-4322，host1，Park 4，Park，MW 391,1,0,0,0,0,0,0,0,0,0
YUI-4321，host2，Park 4，Park，MW 390,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0
YUI-4320，host2，Park 4，Park，MW 389,1,0,0,0,0,0,0,0,0,0
YUI-4319，host2，Park 4，Park，MW 388,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0
YUI-7318，host2，Park 4，Park，MW 387,1,0,0,0,0,0,0,0,0,0
YUI-4317，host1，Park 4，Park，MW 386,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0
YUI-4316，host2，Park 4，Park，MW 385,1,1,0,0,0,0,0,0,0,0
YUI-2315，host1，Shelter 2，Shelter，MV319,1,0,0,0,0,0,0,1,0,0
YUI-4314，host1，Shelter 2，Shelter，MV 332,1,0,0,0,0,0,0,1,0,0

Answer 1

我对您正在做的事情感到困惑，但是我可以告诉您，狗是一个图形对象，并且您正在尝试在同一行中做多件事，而这些事情没有什么共同的意义。

称狗为“ flu”会给出与flu相关的所有顶点。

add_vertices（8）将8个新顶点添加到图形中。

add_vertices（dogs [flu]，typ =“ host”）将图中相同的节点添加到可调用dogs [flu]的情况下。

只需在所有节点之前添加（add_vertices [fluCols]，尽管它可能需要整数而不是字符串），然后再修改这些节点。