矩阵索引子集与另一个矩阵

Question

将两个矩阵（一个和两个）匹配在一起并提取匹配的矩阵2的索引的快速方法是什么？ 矩阵二很大（数百到数千行）。

one
[,1] [,2]
   9   11
  13    2


head(two)
   [,1][,2]
[1,] 9 11
[2,] 11 9
[3,]  2 3
[4,] 13 2
[5,]  2 4
[6,]  3 3

输出应为（注意索引2如何不是输出值）

1 4  

Answer 1

一种方法是：

a = apply(one, 1, paste0, collapse = "-")
b = apply(two, 1, paste0, collapse = "-")
match(a, b)

#[1] 1 4

我们将两个矩阵的所有列按行粘贴在一起，然后将它们匹配以得到相同的行。

仅供参考，

a
#[1] "9-11" "13-2"
b
#[1] "9-11" "11-9" "2-3"  "13-2" "2-4"  "3-3" 

Answer 2

您可以编写一个C ++循环来相当快地完成它

library(Rcpp)

cppFunction('NumericVector matrixIndex(NumericMatrix m1, NumericMatrix m2){

int m1Rows = m1.nrow();
int m2Rows = m2.nrow();
NumericVector out;  

for (int i = 0; i < m1Rows; i++){
  for (int j = 0; j < m2Rows; j++){

    if(m1(i, 0) == m2(j, 0) && m1(i, 1) == m2(j, 1)){
        //out[j] = (j+1);
        out.push_back(j + 1);
    }
  }
}

return out;

}')

matrixIndex(m1, m2)
[1] 1 4

尽管我怀疑首先预先分配结果向量会更快，例如

cppFunction('NumericVector matrixIndex(NumericMatrix m1, NumericMatrix m2){

int m1Rows = m1.nrow();
int m2Rows = m2.nrow();
NumericVector out(m2Rows);  

for (int i = 0; i < m1Rows; i++){
  for (int j = 0; j < m2Rows; j++){

    if(m1(i, 0) == m2(j, 0) && m1(i, 1) == m2(j, 1)){
        out[j] = (j+1);
        //out.push_back(j + 1);
    }
  }
}

return out;

}')

matrixIndex(m1, m2)
[1] 1 0 0 4 0 0
## 0 == nomatch. 

Answer 3

您没有说“快速”是指计算时间还是人的时间。 如果只需要执行一次，那么如果您优化人员时间，总时间可能是最短的，而Ronak的答案将很难被击败，这是明确而可靠的。

如果所有数字均小于某个特定数字（例如，在示例数据中为100），则可以执行类似的操作，但可以使用算术将两列组合在一起然后匹配。 我怀疑（但尚未测试）这会比转换为字符向量更快。 当然，根据您的情况，当然还有其他算术选项。

a <- one[,1]*100 + one[,2]
b <- two[,1]*100 + two[,2]
match(a, b)

Answer 4

我们可以使用%in%

which(do.call(paste, as.data.frame(two)) %in% do.call(paste, as.data.frame(one)))
#[1] 1 4