Anaconda，通过pip安装Python软件包不起作用，Linux

Question

我在使用pip安装软件包时遇到问题。 从我的环境中通过conda安装软件包时，它工作正常，但是当尝试通过pip安装时，我继续收到ImportError：No Module namedX。

我尝试安装的软件包是一组不在conda发行版中的软件包。

例

[sjamal@login1(franklin) src]$ source activate Py343

(Py343) [sjamal@login1(franklin) src]$ pip install pyvcf

Collecting pyvcf
Requirement already satisfied: setuptools in /users/sjamal/anaconda3/envs/Py343/lib/python3.4/site-packages/setuptools-27.2.0-py3.4.egg (from pyvcf)
Installing collected packages: pyvcf
Successfully installed pyvcf-0.6.8

(Py343) [sjamal@login1(franklin) src]$ python

Python 3.4.3 |Continuum Analytics, Inc.| (default, Oct 19 2015, 21:52:17) 
[GCC 4.4.7 20120313 (Red Hat 4.4.7-1)] on linux
Type "help", "copyright", "credits" or "license" for more information.

>>> import vcf
Traceback (most recent call last):
File "<stdin>", line 1, in <module>
ImportError: No module named 'vcf'

在〜/ .bashrc中，我添加了以下路径/ users / sjamal / anaconda3 / bin，这显然允许我访问anaconda，conda等。

我最初以为我遇到的问题与下面提出的问题相同。 但是我误解了答案，或者问题不一样。

anaconda是否为每个新环境创建一个单独的PYTHONPATH变量？

我可以肯定这是一个路径问题，但是我对如何通过pip和conda将软件包安装到各自的环境缺乏了解，可能就是为什么我似乎无法解决它。

附加信息：

我在无法执行任何根命令的群集的登录节点上。 我确定不需要root访问，但我认为应该提一下。 我的Linux发行版是CentOS版本6.6（最终版）。

感谢您的关注！

Answer 1

我设法弄清楚了。 在我的系统上做了一些搜索之后。 我发现pip和conda将软件包安装到两个不同的位置。 就我而言

conda - Installed to my current anaconda environment just as expected
pip - /users/sjamal/gridware/share/python/2.7.8/lib/python3.6/site-packages/

我相信将pip安装到其他位置的原因是由于我们在HPC上具有预先设计的基础架构，因此在下面添加了以下前缀。

/users/sjamal/gridware/share 

为了使用我的软件包，有3种方法。 我可以做到两个。 但是最后一个我无法弄清楚，因为它要求我更改点的默认位置来安装软件包。 我尝试使用

pip install -t <dir> 

尽管它总是抛出错误，并且不允许我选择安装文件夹的目的地。

另外两个选择是：

1. Install the packages using pip install <package> and then move the      packages to the original destination. 

2. Add the path to the environment where I want to have the packages installed to the local PATH variable in ~/.bashrc. However, this beats the fact of working in different environments as the package will be accessible from different environments.

如果有人知道如何重定向pip的默认安装目标，请与我共享。 在此之前，我将继续寻找更好的选择。

最后感谢@amrit的回复！

干杯!

Answer 2

先尝试一下..

$ python3

 >>> import sys

 >>> sys.path.append('/all/path/to/C/Python')

 >>> import vcf

如果不行的话...

安装python 3.6.2和...写

import vcf 

代替

import pyvcf