Anaconda，通過pip安裝Python軟件包不起作用，Linux

Question

我在使用pip安裝軟件包時遇到問題。 從我的環境中通過conda安裝軟件包時，它工作正常，但是當嘗試通過pip安裝時，我繼續收到ImportError：No Module namedX。

我嘗試安裝的軟件包是一組不在conda發行版中的軟件包。

例

[sjamal@login1(franklin) src]$ source activate Py343

(Py343) [sjamal@login1(franklin) src]$ pip install pyvcf

Collecting pyvcf
Requirement already satisfied: setuptools in /users/sjamal/anaconda3/envs/Py343/lib/python3.4/site-packages/setuptools-27.2.0-py3.4.egg (from pyvcf)
Installing collected packages: pyvcf
Successfully installed pyvcf-0.6.8

(Py343) [sjamal@login1(franklin) src]$ python

Python 3.4.3 |Continuum Analytics, Inc.| (default, Oct 19 2015, 21:52:17) 
[GCC 4.4.7 20120313 (Red Hat 4.4.7-1)] on linux
Type "help", "copyright", "credits" or "license" for more information.

>>> import vcf
Traceback (most recent call last):
File "<stdin>", line 1, in <module>
ImportError: No module named 'vcf'

在〜/ .bashrc中，我添加了以下路徑/ users / sjamal / anaconda3 / bin，這顯然允許我訪問anaconda，conda等。

我最初以為我遇到的問題與下面提出的問題相同。 但是我誤解了答案，或者問題不一樣。

anaconda是否為每個新環境創建一個單獨的PYTHONPATH變量？

我可以肯定這是一個路徑問題，但是我對如何通過pip和conda將軟件包安裝到各自的環境缺乏了解，可能就是為什么我似乎無法解決它。

附加信息：

我在無法執行任何根命令的群集的登錄節點上。 我確定不需要root訪問，但我認為應該提一下。 我的Linux發行版是CentOS版本6.6（最終版）。

感謝您的關注！

Answer 1

我設法弄清楚了。 在我的系統上做了一些搜索之后。 我發現pip和conda將軟件包安裝到兩個不同的位置。 就我而言

conda - Installed to my current anaconda environment just as expected
pip - /users/sjamal/gridware/share/python/2.7.8/lib/python3.6/site-packages/

我相信將pip安裝到其他位置的原因是由於我們在HPC上具有預先設計的基礎架構，因此在下面添加了以下前綴。

/users/sjamal/gridware/share 

為了使用我的軟件包，有3種方法。 我可以做到兩個。 但是最后一個我無法弄清楚，因為它要求我更改點的默認位置來安裝軟件包。 我嘗試使用

pip install -t <dir> 

盡管它總是拋出錯誤，並且不允許我選擇安裝文件夾的目的地。

另外兩個選擇是：

1. Install the packages using pip install <package> and then move the      packages to the original destination. 

2. Add the path to the environment where I want to have the packages installed to the local PATH variable in ~/.bashrc. However, this beats the fact of working in different environments as the package will be accessible from different environments.

如果有人知道如何重定向pip的默認安裝目標，請與我共享。 在此之前，我將繼續尋找更好的選擇。

最后感謝@amrit的回復！

干杯!

Answer 2

先嘗試一下..

$ python3

 >>> import sys

 >>> sys.path.append('/all/path/to/C/Python')

 >>> import vcf

如果不行的話...

安裝python 3.6.2和...寫

import vcf 

代替

import pyvcf