如何在Linux命令行中将更多输入指定为单个输入？

Question

我在网上搜索，但没有找到任何可以回答我问题的信息。

我在Ubuntu Linux中使用Java工具，通过bash命令调用它； 此工具有两个用于两个不同输入文件的路径：

java -Xmx8G -jar picard.jar FastqToSam \
FASTQ=6484_snippet_1.fastq \ #first read file of pair
FASTQ2=6484_snippet_2.fastq \ #second read file of pair
[...]

例如，我要执行的操作不是指定单个FASTQ的路径，而是指定两个不同文件的路径。

因此，我希望不执行cat file1 file2 > File并将File用作FASTQ输入，而是希望立即执行此操作并即时创建File ，而无需将其保存在文件系统中（发生在命令cat file1 file2 > File ）。

我希望我已经清楚地解释了我的问题，以防万一只是问我，我会尽力解释得更好。

Answer 1

大多数接受文件名参数的编写良好的Shell命令通常也接受文件名参数的列表。 像cat file或cat file1 file2等。

如果您尝试使用的程序不支持此功能，并且无法轻松修复，则可能是您的操作系统或外壳程序将/dev/stdin用作伪文件。

cat file1 file2 | java -mumble -crash -burn FASTQ=/dev/stdin

一些外壳程序还具有进程替换，（通常）将其视为调用文件，就像单个文件一样，其中包含进程替换在标准输出上产生的所有内容。

java -mumble -crash -burn FASTQ=<(cat file1 file2) FASTQ2=<(cat file3 file4)

如果上述两种方法都不起作用，那么使用临时文件并在完成后将其删除的简单shell脚本是一种经过实践检验的真正解决方案。

#!/bin/sh
: ${4?Need four file name arguments, will process them pairwise}
t=$(mktemp -d -t fastqtwoness.XXXXXXX) || exit
trap 'rm -rf $t' EXIT HUP INT TERM  # remove in case of failure or when done
cat "$1" "$2" >$t/1.fastq
cat "$3" "$4" >$t/2.fastq
exec java -mumble -crash -burn FASTQ=$t/1.fastq FASTQ2=$t/2.fastq