无法在Snakemake规则中使用conda环境导入python模块

Question

为了运行Snakemake工作流程，我使用python 3.5创建了一个Conda环境。 我在Snakemake规则中使用单独的Conda环境。 我想使用python2库运行其中一个，但是在这里我似乎无法导入特定的模块。

这是我的规则的环境：

channels:
  - conda-forge
dependencies:
  - zeep

我的规则是使用python2调用python脚本：

python2 my_script.py

并且python脚本包含此导入：

from zeep import Client

运行工作流程时，出现以下错误：

ImportError: No module named zeep

这可能是与python版本有关的问题吗？

Answer 1

由于您未在规则环境中指定Python版本，因此我假设它选择的是Python 3.5。 如果您像这样修改环境：

channels:
  - conda-forge
dependencies:
  - python=2.7.13
  - zeep

环境将改为使用Python 2.7.13，脚本将正常工作。