FactoMineR / factoextra可视化树状图中的所有簇

Question

我使用软件包FactoMineR的HCPC功能在数据帧上执行了分层聚类。 问题是，当我使用factoextra绘制树状图时，我无法可视化询问的簇数。 这是我的问题的可复制示例

model <- HCPC(iris[,1:4], nb.clust = 5) 

确实有5个以上的集群

fviz_dend(model, k = 5,
          cex = 0.7,                     
          palette = "default",              
          rect = TRUE, rect_fill = TRUE, 
)

但是只有3个映射在树状图中

Answer 1

我碰到了同样的问题：即使在HCPC或fviz_dend函数中，即使尝试覆盖它， fviz_dend函数也总是会返回它认为是最佳群集数量的值。

在坚持使用FactoMineR和factoextra的同时解决此问题的一种方法是更改​​由HCPC函数计算的默认簇数：

model$call$t$nb.clust = 5

然后运行fviz_dend函数。

这应该返回您期望的结果 。

Answer 2

您可以仅将dendextend R软件包与color_branches函数一起使用：

library(dendextend)
dend <- USArrests %>% dist %>% hclust(method = "ave") %>% as.dendrogram
dd <- color_branches(dend,5)
plot(dd)