FactoMineR / factoextra可視化樹狀圖中的所有簇

Question

我使用軟件包FactoMineR的HCPC功能在數據幀上執行了分層聚類。 問題是，當我使用factoextra繪制樹狀圖時，我無法可視化詢問的簇數。 這是我的問題的可復制示例

model <- HCPC(iris[,1:4], nb.clust = 5) 

確實有5個以上的集群

fviz_dend(model, k = 5,
          cex = 0.7,                     
          palette = "default",              
          rect = TRUE, rect_fill = TRUE, 
)

但是只有3個映射在樹狀圖中

Answer 1

我碰到了同樣的問題：即使在HCPC或fviz_dend函數中，即使嘗試覆蓋它， fviz_dend函數也總是會返回它認為是最佳群集數量的值。

在堅持使用FactoMineR和factoextra的同時解決此問題的一種方法是更改​​由HCPC函數計算的默認簇數：

model$call$t$nb.clust = 5

然后運行fviz_dend函數。

這應該返回您期望的結果 。

Answer 2

您可以僅將dendextend R軟件包與color_branches函數一起使用：

library(dendextend)
dend <- USArrests %>% dist %>% hclust(method = "ave") %>% as.dendrogram
dd <- color_branches(dend,5)
plot(dd)