R繪制帶有簇的熱圖，但隱藏樹狀圖

Question

默認情況下，R 的heatmap將聚集行和列：

mtscaled = as.matrix(scale(mtcars))
heatmap(mtscaled, scale='none')

我可以禁用集群：

heatmap(mtscaled, Colv=NA, Rowv=NA, scale='none')

然后樹狀圖消失了：

但是現在數據不再聚類了。

我不希望顯示樹狀圖，但我仍然希望將行和/或列聚集在一起。 我怎樣才能做到這一點？

我想要的例子：

Answer 1

你可以用pheatmap做到這一點：

mtscaled <- as.matrix(scale(mtcars))
pheatmap::pheatmap(mtscaled, treeheight_row = 0, treeheight_col = 0)

在此處查看 pheatmap 輸出：

Answer 2

library(gplots)
heatmap.2(mtscaled,dendrogram='none', Rowv=TRUE, Colv=TRUE,trace='none')

Rowv -is TRUE，這意味着樹狀圖是根據行均值計算和重新排序的。

Colv - 列應與行一樣對待。

Answer 3

對於 ComplexHeatmap，有刪除樹狀圖的函數參數：

library(ComplexHeatmap)
Heatmap(as.matrix(iris[,1:4]), name = "mat", show_column_dend = FALSE, show_row_dend = FALSE)

Answer 4

我對 pheatmap 有類似的問題，它具有更好的可視化和熱圖或 heatmap.2。 雖然 heatmap.2 是您的解決方案的選擇，這里是 pheatmap 的解決方案，通過提取聚類數據的順序。

library(pheatmap)
mtscaled = as.matrix(scale(mtcars))
H = pheatmap(mtscaled)

這是 pheatmap 的輸出

pheatmap(mtscaled[H$tree_row$order,H$tree_col$order],cluster_rows = F,cluster_cols = F)

這是提取聚類順序后pheatmap的輸出

Answer 5

使用基本的 R 熱圖函數做兩次樹狀圖。 獲取第一次運行的輸出，該輸出聚類但強制繪制樹狀圖，然后再次將其輸入熱圖函數。 這一次，沒有聚類，也沒有繪制樹狀圖。

#生成一個有一點結構的隨機對稱矩陣，並制作一個熱圖

M100s<-matrix(runif(10000),nrow=100)
M100s[2,]<-runif(100,min=0.1,max=0.2)
M100s[4,]<-runif(100,min=0.1,max=0.2)
M100s[6,]<-runif(100,min=0.1,max=0.2)
M100s[99,]<-runif(100,min=0.1,max=0.2)
M100s[37,]<-runif(100,min=0.1,max=0.2)
M100s[lower.tri(M100s)] <- t(M100s)[lower.tri(M100s)]
heatmap(M100s)

#保存輸出

OutputH <- heatmap(M100s)

#在沒有聚類或樹狀圖的情況下再次運行它

M100c <- M100s
M100c1 <- M100c[,OutputH$rowInd]
M100c2 <- M100c1[OutputH$colInd,]
heatmap(M100c2,Rowv = NA, Colv = NA, labRow = NA, labCol = NA)

Answer 6

您可以依賴基礎 R 結構並考慮以下基於自己構建 hclust 樹的方法。

mtscaled = as.matrix(scale(mtcars))
row_order = hclust(dist(mtscaled))$order
column_order = hclust(dist(t(mtscaled)))$order
heatmap(mtscaled[row_order,column_order], Colv=NA, Rowv=NA, scale="none")

無需安裝額外的垃圾。