如何在樹狀圖中選擇某個截止點以下的所有聚類

Question

我有一個距離矩陣，稱為227列乘227行

"X9_resid_matrix"

這個矩陣代表227種蛋白質，告訴我彼此之間有多么不同。 因此，在右上角為零，因為1,1代表相同的蛋白質，因此它們相同或不同為零。 數字范圍是0-9。

然后，我使用以下命令制作樹狀圖：

"plot(hclust(as.dist(X9_resid_matrix)))"

y軸的范圍是從零到九。

我希望計算機僅告訴我低於某個臨界值的群集。

意思是如果只有31個零距離的群集，那么我想要一個代碼，計算機將用來告訴我這31個零距離的群集是什么。

命令：

cutree(hc, h=0)

當我運行它時似乎沒有這樣做。

例如：我有以下樹狀圖： 單擊此處查看

我想要一個將樹狀圖切割為1高度並僅顯示1和2的命令。

Answer 1

我認為您正在尋找的功能是cut ，它采用樹狀圖對象x並將其在高度h處切片以生成一個包含兩個元素的列表。 第一個元素“ upper”是修剪后的原始樹，第二個元素“ lower”是包含修剪后的分支的列表（更多信息，請參見?dendrogram ）。

“下部”元素中的每個分支本身就是樹狀圖，可以照常進行繪制和操縱。 這是一個小例子：

newick <- "((Human:0.01,Chimp:0.03):0.02,(((Whale:0.04,Cow:0.01):0.01,Pig:0.01):0.01,(Dog:0.01,Cat:0.01):0.01):0.04);"
install.packages("phylogram")
dendro <- phylogram::read.dendrogram(text = newick)
plot(dendro)

然后可以使用cut命令對樹狀圖對象進行cut ：

obj <- cut(dendro, h = 0.09)
obj

輸出的列表如下所示：

$upper
'dendrogram' with 2 branches and 2 members total, at height 0.1 

$lower
$lower[[1]]
'dendrogram' with 2 branches and 2 members total, at height 0.08 

$lower[[2]]
'dendrogram' with 2 branches and 5 members total, at height 0.06 

請注意，第二個元素obj$lower包含兩個子樹，這兩個子樹是通過在0.09高度處切割原始樹而得到的。 要提取並繪制這些子樹的第二個，只需使用標准列表子設置語法即可：

subtree <- obj$lower[[2]]
plot(subtree)

要將hc對象轉換為樹狀圖，可以使用as.dendrogram函數。