從R的熱圖功能中獲取集群？

Question

我正在使用R的heatmap功能來進行分層聚類（ http://www.inside-r.org/r-doc/stats/heatmap ）。 是否有一個函數可以獲取heatmap返回的對象，並通過對樹形圖應用閾值alpha來返回聚類？ 功能如下：

h <- heatmap(...)
clusters <- get_clusters(h, alpha=0.5)

其中clusters是一個與輸入數據幀的列數相同的數組，並為每個條目返回0到n-1之間的數字，其中n是列數（將列分配給簇）。 R中是否存在這種情況？

Answer 1

您正在尋找heatmap功能的keep.dendro參數。 然后將樹形圖存儲在輸出的Rowv和Colv元素中。

x = matrix( rnorm(25), ncol=5 )
h = heatmap(x,keep.dendro=TRUE)

接下來，使用as.hclust函數將dendrogram對象轉換為hclust對象。 然后，如評論中所述，您可以使用cutree來獲取集群。

row.clusters = as.hclust( h$Rowv )
cutree(row.clusters,k=3) # break into k=3 clusters

當然，你可以通過這樣做來獲得row.clusters

row.clusters = hclust(dist(x))