如何在r中使用heatmap.2讓簇在對角線上排列？

Question

我正在嘗試聚類蛋白質dna相互作用數據集，並使用來自R包gplots的heatmap.2繪制熱圖。 以下是生成這些圖形的完整過程：在我的案例中，使用一些相關性生成距離矩陣。

library(RColorBrewer);
library(gplots);
args <- commandArgs(TRUE);
matrix_a <- read.table(args[1], sep='\t', header=T, row.names=1);
mtscaled <- as.matrix(scale(matrix_a))
pdf("result.pdf", pointsize = 15, width = 18, height = 18)
result <- heatmap.2(mtscaled, Colv=T,Rowv=T, scale='none',symm = T, col = brewer.pal(9,"Reds"))
dev.off() 

通過執行以下操作，我可以使用正常的熱圖功能來完成此操作：

result <- heatmap(mtscaled, Colv=T,Rowv=T, scale='none',symm = T)

但是，當我對Heatmap.2使用相同的設置時，群集在對角線上也不會對齊。 我附加了2張圖像，第一張圖片使用熱圖，第二張圖片使用熱圖。 我使用了RColorBrewer包中的Reds顏色來幫助更好地顯示我正在拍攝的內容。 我通常只使用默認的熱圖功能，但我需要heatmap.2提供的顏色變化。

以下是用於生成熱圖的數據集的列表，在將其轉換為距離矩陣后： DataSet

Answer 1

就好像有兩個參數是沖突的。 Colv=T表示按簇排序列， symm=T表示排列列與行相同。 當然，兩個約束都可以滿足，因為數據是對稱的，而是Colv=T wins，你會得到兩個獨立的簇序列，這些序列恰好是不同的。

如果你放棄了樹形圖的冗余副本，下面給出了你想要的熱圖，至少：

result <- heatmap.2(mtscaled, Rowv=T, scale='none', dendrogram="row", symm = T, col = brewer.pal(9,"Reds"))