R中的Recenter heatmap.2

Question

我使用下面的代碼來生成熱圖，使用熱圖。來自R. key =“F”去掉頂部的顏色鍵。 但是，繪圖不會重新縮放，在先前由顏色鍵占據的位置留下空白區域。 如何通過擺脫頂部的空白區域重新定位情節？

dImp_heatmap <- heatmap.2(dSet_matrix, Rowv=NA, Colv=NA, col = cm.colors(20), dendrogram="none",trace="none", key="F",margins=c(1,8),colsep=c(1:6),rowsep=(1:62),sepwidth=c(0.05,0.05), sepcolor="white", cellnote=round(dSet_matrix,digits=2),notecol="black",notecex=0.7,scale="column")

Answer 1

如果您仔細閱讀了?heatplot.2的文檔，您將在參數列表的底部看到以下內容：

lmat，lhei，lwid視覺布局：位置矩陣，列高，列寬。 請參閱下文了解詳情

細節是：

可以通過為lmat，lwid和lhei指定適當的值來覆蓋此布局。 lmat控制每個元素的相對位置，而lwid控制列寬，lhei控制行高。 有關如何使用這些參數的詳細信息，請參閱幫助頁面以獲取布局。

例如：

data(mtcars)
 x  <- as.matrix(mtcars)
 rc <- rainbow(nrow(x), start=0, end=.3)
 cc <- rainbow(ncol(x), start=0, end=.3)

 ##
 ## demonstrate the effect of row and column dendrogram options
 ##
 gplots:::heatmap.2(x,key = FALSE,dendrogram = "row",lhei = c(0.05,0.95))

我想像lwid的設置會表現得相似。 雖然我應該補充一點，如果你同時包含兩個樹狀圖，那么左上角的空間對於為樹形圖騰出空間是必要的。