R heatmap.2鍵色

Question

我正在使用heatmap.2創建一個熱圖，並且對顏色鍵的比例有疑問。 我已將log10應用到我的數據，並且具有一些負值。 但是，顏色鍵在0到0.3之間縮放。 這個規模是從哪里來的？

library(gplots)
scalewhitered <- colorRampPalette(c("white", "red"), space = "rgb")(255)
heatmap.2(as.matrix(log10_normalised),Rowv=T, Colv=F,scale="none",     trace="none",labRow=rownames(log10_normalised), col=scalewhitered, xlab="", ylab="", mar=c(10,10))

是否可以將所有0值都設置為白色，然后將非零數字（包括負數）顯示為不同的紅色陰影？ 非常感謝。

Answer 1

這里的想法是創建自己的色標（基本上必須定義顏色范圍）。 您可以從RColorBrewer包使用colorRampPalette：

http://cran.r-project.org/web/packages/RColorBrewer/

看一下下面的鏈接，他們找到了解決方法：

如何在R中更改heatmap.2顏色范圍？