R中的熱圖（使用heatmap（）函數）

Question

我有一個相關矩陣，想要獲得從冷（負相關）到紅色（正相關）的熱圖，白色為0相關。

現在，即使我說“ scale = none”，heatmap命令似乎也以某種方式是平均的，這意味着平均相關性被描繪成白色（在我的情況下是0.2，意味着所有0相關性都略帶藍色）。

你能幫我解決這個問題嗎？ 謝謝

library(stats)
library(gplots)
library(RColorBrewer)
heatmap(graph.g,Colv = NA, Rowv=NA, revC=T, scale='none', 
    xlab= "IDS-C30 symptoms", main = "Heatmap of glasso associations",
    col = rev(brewer.pal(11,"RdBu")))

Answer 1

這不是一個很好的解決方案，但似乎可以完成工作。 要點是將頻譜限制在相關矩陣所取值的范圍內，並使其更平滑，以從brewer.pal提供的11個值的最大值brewer.pal （使用奇數次重復，以使中位數保持為整數） ）。

vec <- rep(rev(brewer.pal(11,"RdBu")), each = 101)  # stretched palette
med <- (length(vec) + 1) / 2  # middle of palette
rad <- length(vec) - med  # radius of palette
min.g <- med + min(graph.g) * rad  # lowest value taken
max.g <- med + max(graph.g) * rad  # highest value taken
heatmap(graph.g,Colv = NA, Rowv=NA, revC=T, scale='none',
    xlab= "IDS-C30 symptoms", main = "Heatmap of glasso associations",
    col = vec[min.g:max.g])  # palette restricted to realized values

Answer 2

對於相關矩陣，您還可以使用專門為此設計的corrplot或corrgram庫。 它們開箱即用，還具有其他繪圖功能。 在R圖形食譜 ，你可以找到例子的如何繪制這樣的情節用GGPLOT2 geom_tile()或geom_raster()函數。

library(corrplot)
library(corrgram)
library(ggplot2)
library(reshape2)

corrplot(cor(mtcars))
corrplot(cor(mtcars), method="color")
corrgram(cor(mtcars))
corrgram(cor(mtcars), lower.panel=panel.shade,
         upper.panel=panel.pie)

p <- ggplot(melt(cor(mtcars)), aes(x=Var1, y=Var2, fill=value))
p + geom_tile() + scale_fill_gradient2(midpoint=0, limits=c(-1, 1))