R中的热图（使用heatmap（）函数）

Question

我有一个相关矩阵，想要获得从冷（负相关）到红色（正相关）的热图，白色为0相关。

现在，即使我说“ scale = none”，heatmap命令似乎也以某种方式是平均的，这意味着平均相关性被描绘成白色（在我的情况下是0.2，意味着所有0相关性都略带蓝色）。

你能帮我解决这个问题吗？ 谢谢

library(stats)
library(gplots)
library(RColorBrewer)
heatmap(graph.g,Colv = NA, Rowv=NA, revC=T, scale='none', 
    xlab= "IDS-C30 symptoms", main = "Heatmap of glasso associations",
    col = rev(brewer.pal(11,"RdBu")))

Answer 1

这不是一个很好的解决方案，但似乎可以完成工作。 要点是将频谱限制在相关矩阵所取值的范围内，并使其更平滑，以从brewer.pal提供的11个值的最大值brewer.pal （使用奇数次重复，以使中位数保持为整数） ）。

vec <- rep(rev(brewer.pal(11,"RdBu")), each = 101)  # stretched palette
med <- (length(vec) + 1) / 2  # middle of palette
rad <- length(vec) - med  # radius of palette
min.g <- med + min(graph.g) * rad  # lowest value taken
max.g <- med + max(graph.g) * rad  # highest value taken
heatmap(graph.g,Colv = NA, Rowv=NA, revC=T, scale='none',
    xlab= "IDS-C30 symptoms", main = "Heatmap of glasso associations",
    col = vec[min.g:max.g])  # palette restricted to realized values

Answer 2

对于相关矩阵，您还可以使用专门为此设计的corrplot或corrgram库。 它们开箱即用，还具有其他绘图功能。 在R图形食谱 ，你可以找到例子的如何绘制这样的情节用GGPLOT2 geom_tile()或geom_raster()函数。

library(corrplot)
library(corrgram)
library(ggplot2)
library(reshape2)

corrplot(cor(mtcars))
corrplot(cor(mtcars), method="color")
corrgram(cor(mtcars))
corrgram(cor(mtcars), lower.panel=panel.shade,
         upper.panel=panel.pie)

p <- ggplot(melt(cor(mtcars)), aes(x=Var1, y=Var2, fill=value))
p + geom_tile() + scale_fill_gradient2(midpoint=0, limits=c(-1, 1))