[英]correlation heatmap using heatmaply R
我正在尝试基于 spearman 相关性和与 spearman 相关值对应的树状图创建热图。 我的输入文件组成如下:
> data[1:6,1:6]
group EG PN C0 C10 C10.1
1 Patients 24 729 352.66598 43.80707 75.16226
2 Patients 24 729 195.48486 17.15763 33.60365
3 Patients 24 729 106.85937 15.13400 34.47340
4 Patients 27 1060 76.70645 14.98315 22.09885
5 Patients 27 1060 354.07169 50.61995 98.36765
6 Patients 27 1060 331.84956 92.00343 125.46658
> data[150:160,1:6]
group EG PN C0 C10 C10.1
150 Controls 27 1011 99.94756 9.018773 20.207498
151 Controls 30 616 300.20203 25.667548 37.363280
152 Controls 30 616 190.38030 18.811198 46.417332
153 Controls 26 930 79.44666 7.801935 4.569444
154 Controls 24 724 381.74026 39.842241 42.144842
155 Controls 24 724 191.39962 19.008729 31.064398
我能够制作一个简单的相关图,但我想创建一个独特的热图,其中包含基于 spearman 相关性的蛋白质和主题树状图。 有谁知道怎么办? 提前致谢
以下代码显示了一个交互式热图,使用 Spearman 的秩相关对行和列进行聚类(在本例中为mtcars
数据集)。
heatmaply(mtcars,
distfun = function(x) as.dist(1 - cor(t(x), method="spearman")))
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