按 R 中的因子分割的数据帧的相关热图

Question

我想在 R 中生成一个热图/相关图。我探索了各种包，例如corrplot 、 ggcorrplot和pheatmap ，但我发现很难到达我想要的地方。

例如，使用 mtcars，我想生成如下所示的热图。 具体来说：

1. 使用 Spearman 相关性仅将 mpg 与 disp、hp、drat 和 wt 进行比较。
2. 分别对cyl=4 、 cyl=6和cyl=8进行这些比较。
3. 计算斯皮尔曼 p 值。
4. 绘制热图，其中平铺颜色代表 Spearman 相关系数 (r)，p 值印在每个平铺上。

与此类似的期望结果：

我将不胜感激。 谢谢你。

Answer 1

您可以使用psych包和图形包（例如ggplot2或pheatmap 。 首先定义一个自定义函数来获取 p 值，然后使用by应用该函数。

library(psych)
myfun <- function(df) corr.test(df[, 1], df[, 3:6], method = "spearman", adjust = 
"none")$p

dfs <- by(mtcars, mtcars$cyl, myfun)
mat <- do.call(rbind, dfs)
rownames(mat) <- c("cyl = 4", "cyl = 6", "cyl = 8")

library(pheatmap)
pheatmap(mat, 
     cluster_rows = F, 
     cluster_cols = F, 
     display_numbers = T, 
     show_rownames = T,
     show_colnames = T,
     number_format = "%.4f")

我没有尝试完全复制上面的热图，但您可以阅读?pheatmap以了解其所有选项。

附注：如果任何人都可以做到这一点，在适当的功能purrr管道进入ggplot2的热图，你有我给予好评。