按 R 中的因子分割的數據幀的相關熱圖

Question

我想在 R 中生成一個熱圖/相關圖。我探索了各種包，例如corrplot 、 ggcorrplot和pheatmap ，但我發現很難到達我想要的地方。

例如，使用 mtcars，我想生成如下所示的熱圖。 具體來說：

1. 使用 Spearman 相關性僅將 mpg 與 disp、hp、drat 和 wt 進行比較。
2. 分別對cyl=4 、 cyl=6和cyl=8進行這些比較。
3. 計算斯皮爾曼 p 值。
4. 繪制熱圖，其中平鋪顏色代表 Spearman 相關系數 (r)，p 值印在每個平鋪上。

與此類似的期望結果：

我將不勝感激。 謝謝你。

Answer 1

您可以使用psych包和圖形包（例如ggplot2或pheatmap 。 首先定義一個自定義函數來獲取 p 值，然后使用by應用該函數。

library(psych)
myfun <- function(df) corr.test(df[, 1], df[, 3:6], method = "spearman", adjust = 
"none")$p

dfs <- by(mtcars, mtcars$cyl, myfun)
mat <- do.call(rbind, dfs)
rownames(mat) <- c("cyl = 4", "cyl = 6", "cyl = 8")

library(pheatmap)
pheatmap(mat, 
     cluster_rows = F, 
     cluster_cols = F, 
     display_numbers = T, 
     show_rownames = T,
     show_colnames = T,
     number_format = "%.4f")

我沒有嘗試完全復制上面的熱圖，但您可以閱讀?pheatmap以了解其所有選項。

附注：如果任何人都可以做到這一點，在適當的功能purrr管道進入ggplot2的熱圖，你有我給予好評。