R 热图和热图 output

Question

我正在使用 R heatmaply package 来生成交互式热图。 我喜欢这个软件，但我想从中获得与使用pheatmap package 相同的颜色 output。 因此，我希望这两个命令产生相同的输出：

heatmaply (scale (mtcars))
pheatmap  (scale (mtcars))

有没有办法做到这一点？ 提前致谢。 阿图罗

Answer 1

您可以使用 forms formals()来获取pheatmap()的默认颜色参数。

formals(pheatmap)$color
# colorRampPalette(rev(brewer.pal(n = 7, name = "RdYlBu")))(100)

然后将heatmaply()的颜色参数设置为相同的：

col <- colorRampPalette(rev(RColorBrewer::brewer.pal(n = 7, name = "RdYlBu")))(100)
heatmaply(scale(mtcars), colors = col, grid_color = "grey60")

• 颜色 function brewer.pal()来自RColorBrewer package，因此您需要提前使用::或library()安装并加载它。
• grid_color heatmaply()中的 grid_color 对应 pheatmap pheatmap() ) 中的border_color 。