R 熱圖和熱圖 output

Question

我正在使用 R heatmaply package 來生成交互式熱圖。 我喜歡這個軟件，但我想從中獲得與使用pheatmap package 相同的顏色 output。 因此，我希望這兩個命令產生相同的輸出：

heatmaply (scale (mtcars))
pheatmap  (scale (mtcars))

有沒有辦法做到這一點？ 提前致謝。 阿圖羅

Answer 1

您可以使用 forms formals()來獲取pheatmap()的默認顏色參數。

formals(pheatmap)$color
# colorRampPalette(rev(brewer.pal(n = 7, name = "RdYlBu")))(100)

然后將heatmaply()的顏色參數設置為相同的：

col <- colorRampPalette(rev(RColorBrewer::brewer.pal(n = 7, name = "RdYlBu")))(100)
heatmaply(scale(mtcars), colors = col, grid_color = "grey60")

• 顏色 function brewer.pal()來自RColorBrewer package，因此您需要提前使用::或library()安裝並加載它。
• grid_color heatmaply()中的 grid_color 對應 pheatmap pheatmap() ) 中的border_color 。