pheatmap 和 heatmaply R 包中的聚类

Question

我正在使用 R heatmaply package 来生成交互式热图。 我喜欢这个软件，但我想从中获得与使用 pheatmap package 相同的聚类（行和列的排序）。 因此，我希望这两个命令产生相同的输出：

heatmaply (scale (mtcars))
pheatmap  (scale (mtcars))

有没有办法做到这一点？ 提前致谢。 阿图罗

PS I recently asked another similar question about the color output, ie, not clustering, output, that was brilliantly answered here: R heatmaply and pheatmap output

Answer 1

这是一个在pheatmap中对heatmaply的列和行进行排序的解决方案：

phtmap <- pheatmap(scale(mtcars))
heatmaply(scale(mtcars), Rowv=phtmap[[1]], Colv=phtmap[[2]], revC=TRUE)

pheatmap的输出

和热图的heatmaply